sambamba是一个用于处理BAM文件的工具,它可以进行排序、索引、过滤、统计和处理比对信息等操作。要使用sambamba提取LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中LITCHI017845的比对情况,你可以使用以下命令:
```bash
sambamba view -f bam -F "qname == 'LITCHI017845'" LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam > LITCHI017845.bam
```
这个命令将根据qname(即reads的名称)筛选出qname为'LITCHI017845'的比对记录,并将结果保存到LITCHI017845.bam文件中。
希望这个回答对你有帮助!
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