生存分析KM-plot问题 - 做专业的生信问答网站

登录

1: 关注

1018: 浏览

生存分析KM-plot问题

生存分析使用的表达谱数据可以raw counts格式吗？一定需要使用TPM格式吗

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-11 17:25

根据我的了解，生存分析使用的表达谱数据并不一定需要使用TPM（每百万转录本数）格式，而可以使用raw counts（原始计数）格式。生存分析的目的是研究基因表达与生存率之间的关系，而不是特定的表达水平。因此，使用raw counts格式也可以提供有关基因表达与生存率之间的相关信息。当使用raw counts格式时，需要考虑样本之间的大小差异以及测序深度的影响。为了准确地比较不同样本之间的基因表达水平，通常会进行归一化处理，例如使用DESeq2或edgeR等工具来进行差异表达分析。然而，使用TPM格式也有其优势，因为它可以更好地考虑样本间的大小差异，并提供更直观的表达水平比较。TPM格式通过将每个基因的表达水平除以其长度和总表达量来进行归一化，从而更准确地比较不同基因之间的表达水平。总而言之，生存分析可以使用raw counts格式进行分析，但需要进行适当的归一化处理。TPM格式提供了更直观和更准确的表达水平比较，但不是生存分析的必需品。因此，选择使用哪种格式取决于研究的具体需求和可用的数据。

赞同 1 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:07

不可以。

一定要用TPM，或者FPKM

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2023-07-11 17:08

更新时间: 2023-07-15 18:07

关注人数: 1 人关注

相关问题

在用seurat做多样本整合的时候的问题: 1078 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞RNA-seq分析流程: 966 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

生存分析KM-plot交叉问题: 1077 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 640 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用bwa index 时遇到问题: 853 浏览 2 关注 1 回答 2 评论

为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因本体论分析上下调基因差异: 604 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1186 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

求教一个blastn的问题: 856 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID: 845 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1119 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】怎么能画出子网络图: 599 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 ATAC-seq样本重复数: 627 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问复现: 787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 1432 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问 DiffBind 标准化数据: 518 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 783 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 948 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1134 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问微生物群体分析中 adonis, anosim 问题: 1383 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024