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MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

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MCPcounter输入TCGA高通量测序矩阵数据为counts，fpkm,tpm还是logtpm?

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-23 10:34

MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm或logtpm格式，counts更适合用于细胞周期分析。在使用MCPcounter进行细胞周期分析时，我们建议使用counts格式的原始数据，以获得更准确的结果。

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发布时间: 2023-06-23 10:25

更新时间: 2023-06-23 10:34

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