MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1130: 浏览

MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

生信具体问题

MCPcounter输入TCGA高通量测序矩阵数据为counts，fpkm,tpm还是logtpm?

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-23 10:34

MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm或logtpm格式，counts更适合用于细胞周期分析。在使用MCPcounter进行细胞周期分析时，我们建议使用counts格式的原始数据，以获得更准确的结果。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-23 10:25

更新时间: 2023-06-23 10:34

关注人数: 2 人关注

相关问题

singularity查到不到指定输入文件位置: 1647 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

蛋白表达矩阵: 990 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

TCGA数据下载: 1043 浏览 2 关注 1 回答 2 评论

IOBR包输入基因表达矩阵要求: 1102 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1537 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1416 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问蛋白保守序列分析: 986 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体结构矫正: 1206 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 1072 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 1888 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错: 1602 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体内同源基因的所有变异: 1000 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1426 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何提取可变剪切位点？: 1580 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 1226 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 1774 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025