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我做了两次WES分析,两次的区别在于,第二次设置了不标记去重,统计两次运行得到的bam文件中某个位点覆盖到ATCG碱基的reads数,某位点第一次结果A(0)、T(2396)、C(1)、G(0),第二次分析该位点A(1)、T(8064)、C(0)、G(0),第一次该位点有1条reads为C,第二次不去重后变成0条reads为C了,为什么检测到C碱基的这条reads会消失
2 回答
大概率你是pair end(双端)测序。
去重的时候,是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。
因此可能带有突变的序列被去重了。
这家伙很懒,还没有设置简介
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