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两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-16 11:37
根据问题描述,分析结果中出现差异的原因可能是第二次分析时设置了不标记去重。在第一次分析中,可能存在多个reads覆盖到该位点,其中一个reads被标记为C碱基,而在第二次分析中,由于不去重,可能存在多个相同的reads,其中不含C碱基的reads数量增加了,导致原本被标记为C碱基的那个reads没有被保留下来,从而导致该位点C碱基的reads数从1变为0。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-17 11:01

大概率你是pair end(双端)测序。

去重的时候,是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。

因此可能带有突变的序列被去重了。

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发布时间
2023-06-16 11:30
更新时间
2023-06-17 11:01
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