chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

991: 浏览

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

生信分析

chipseq分析，原始文件fastq双端测序150bp，用trim_galore过滤后怎么截取DNA长度小于等于260bp的数据接着进行后续的mapping？

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-15 10:46

可以使用fastp软件进行截取，具体步骤如下： 1. 安装fastp软件。 2. 运行以下命令，截取DNA长度小于等于260bp的数据： ``` fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2.fastq --length_required 260 ``` 其中，input_R1.fastq和input_R2.fastq分别是双端测序的原始fastq文件，output_R1.fastq和output_R2.fastq是截取后的输出文件，--length_required参数指定了截取后的最小长度为260bp。 3. 使用截取后的fastq文件进行后续的mapping分析。可以使用常用的mapping软件，如Bowtie、BWA、STAR等。需要注意的是，截取DNA长度可能会影响到mapping的结果，因此应根据实际情况进行调整。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-15 21:40

一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。

然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-15 10:41

更新时间: 2023-06-15 21:40

关注人数: 2 人关注

相关问题

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？: 1315 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 1553 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于蛋白质文件的疑问: 915 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 763 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

celseq2转换单细胞原始数据: 1002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？: 914 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 1068 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致: 574 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中: 1293 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下: 852 浏览 0 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 1432 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 1077 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 888 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1019 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）: 1315 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问微生物群体分析中 adonis, anosim 问题: 1383 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论: 785 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 DiffBind 标准化数据: 518 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？: 821 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024