ROSE算法寻找SEs

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ROSE寻找SEs过程中，出现问题

sh: 1: ROSE_bamToGFF.py: not found
ROSE_bamToGFF.py -f 1 -e 200 -r -m 1 -b /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/Accession1_control.sorted.bam -i /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/peak/gff/Accession1_v2_peaks_12.5KB_STITCHED_TSS_DISTAL.gff -o /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/peak/mappedGFF/Accession1_v2_peaks_12.5KB_STITCHED_TSS_DISTAL_Accession1_control.sorted.bam_MAPPED.gff &
sh: 1: ROSE_bamToGFF.py: not found
ROSE_bamToGFF.py -f 1 -e 200 -r -m 1 -b /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/Accession1_control.sorted.bam -i /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/peak/gff/Accession1_v2_peaks.gff -o /home/data/t090401/chip-seq/7.peak_calling/Accession1/peak/mappedGFF/Accession1_v2_peaks_Accession1_control.sorted.bam_MAPPED.gff &

命令进行后，结果里并没有我要的SEs.bed，我的ROSE_bamToGFF.py文件是同ROSE一起安装的，bam文件格式也是正确的，ROSE_bamToGFF.pyPATH 环境变量、脚本文件的权限均设置了，为什么还是会报错呢

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-02 20:28

根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件是否存在以及文件的权限是否正确。 2. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在PATH环境变量所包含的路径中。可以使用命令"echo $PATH"来查看当前的PATH环境变量内容，如果ROSE_bamToGFF.py文件所在路径不在其中，则需要将其添加到PATH环境变量中。 3. 确认ROSE_bamToGFF.py文件的权限是否正确。可以使用命令"chmod +x /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来将文件赋予可执行权限。如果以上几个方面都已经检查无误，但仍然无法找到ROSE_bamToGFF.py文件，可能是因为ROSE算法版本不同或者系统环境不同导致的问题。此时，可以考虑重新安装ROSE算法或者检查系统环境是否满足ROSE算法的要求。总之，问题的出现可能是由于多种因素导致的，需要逐一排查并解决。

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: Zed999 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-02 20:22

更新时间: 2023-06-02 20:28

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