请输入关键字进行搜索
查看更多 "" 的搜索结果
我在服务器上进行转录组分析时(拟南芥),使用hisat2做的比对,用featurecounts进行定量,但是发现有一个基因count和TPM值都为0,但是公司分析结果中这个基因有表达,我使用IGV查看了比对的bam文件,发现是有reads mapping,请问这个原因是?谢谢!
3 回答
调下featurecounts的参数,比如-M multi-mapping是否接受, -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id,没有就调-g
你可以选一下view in pairs的模式,看一下这些reads的mapping是不是都是合理的。
然后再看一下,你的这个转录本是不是包含在你技术的gtf里。
最后再看看是不是质量比较低的mapping结果,是不是过滤掉了?
这家伙很懒,还没有设置简介
你的浏览器版本过低,可能导致网站部分内容不能正常使用!
为了能正常使用网站功能,请使用以下浏览器