单细胞数据的多个lib是什么意思呢？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

482: 浏览

单细胞数据的多个lib是什么意思呢？

单细胞

请教大家一个问题，我在浏览GEO数据库的GSM6177604 时发现这个单细胞样本分为了多个lib，请问这些lib1~lib3是什么意思呢？这些数据是来源于同一块样本吗？如何获得这个单细胞样本的数据呢？是简单的将数据相加，还是要用Seurat进行多样本合并，还是说要进行其他什么操作呢？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-01 10:13

单细胞数据的多个lib通常指的是同一单细胞样本经过多个文库（library）建库后生成的多个测序数据。这个现象常见于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，由于单细胞样本的RNA量较少，需要进行多次扩增和建库，因此会得到多个lib。这些lib一般来自同一块样本，但可能经过不同的处理或测序。如果想获得这个单细胞样本的数据，需要先找到对应的SRA（Sequence Read Archive）编号，然后使用相应的工具（如SRA Toolkit）下载数据。对于多个lib的情况，可以使用Seurat等分析软件进行合并，也可以对每个lib进行分别分析，最后再进行整合。需要注意的是，对于多个lib的样本，需要进行一定的质控和过滤，以确保数据质量和一致性。

赞同 1 0评论

关于作者

: 哈蒙德大人&lt;_&lt; 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-01 10:04

更新时间: 2023-06-01 10:13

关注人数: 2 人关注

相关问题

请教多个scRNA样本整合问题: 838 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

TCGA数据下载: 652 浏览 2 关注 1 回答 2 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 544 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致: 521 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1042 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

prokka数据库更新: 709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 854 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？: 653 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读: 713 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

sc-ATAC数据质控: 1024 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Monocle2拟时序分支和Seurat细胞分类: 878 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 818 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 608 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问降维和图的关系: 759 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Harmony 和Seurat的FindIntegrationAnchors算法各有何优劣: 828 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞数据整合: 862 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问 umap embedding cluster被隔开: 826 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024