使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

963: 浏览

使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

原始数据文件先进行了fastqc，发现有adaptor未去除，使用cutadapt软件进行去除后，重新fastqc，结果发现adaptor去掉了，但是sequence disribution报错，不知道为啥，还请大家帮忙看看问题出在哪里？ cutadapt命令如下： cutadapt -a CTGTCTCTTATA -q 30 -m 20 --trim-n -O 10 -o B3.fastq.gz B3-S.fastq.gz

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 17:21

是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是seqkit里面的工具trim成一样长。[/size]

赞同 3 2评论

Kevin_Lyu 前台管理员用户来自于: 福建省福州市
2018-08-23 17:06

切完接头以后，reads长度出现差异了，可以用fastx_trimmer把reads修齐

赞同 2 2评论

关于作者

: windowft 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 16:59

更新时间: 2018-08-23 17:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

cellranger使用问题: 1200 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

sambamba使用: 843 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 734 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

关于scrublet的使用: 1036 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux系统中使用fastqc报错: 1092 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 1006 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 2294 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

软件安装问题——使用ubuntu出现的问题: 743 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 949 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 1018 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 689 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 1048 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问科研/读博: 835 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 1092 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux系统中使用fastqc报错: 1092 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图: 852 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问 R进行GO时出现No gene can be mapped....: 944 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC: 977 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 1016 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问分析CRISPR 高通量筛选数据: 971 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024