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想问一个RNA-Seq的流程问题

RNASeq数据处理

就是在用cufflink计算得到fpkm值后，得到的gene.fpkm-tracking文件接下来需要做什么操作或者工具处理？是用cuffdiff得到差异基因的diff文件吗还是其他什么？看live和视频里是到了cufflink这一步都弄懂了，但是cuffdiff和最后的RNA-Seq分析结果文件是什么还有点懵，请教大家啦

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1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-10 20:00

如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。

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: General浩曦 注册会员
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发布时间: 2018-09-10 19:41

更新时间: 2018-09-10 20:00

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