想问一个RNA-Seq的流程问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

660: 浏览

想问一个RNA-Seq的流程问题

RNASeq数据处理

就是在用cufflink计算得到fpkm值后，得到的gene.fpkm-tracking文件接下来需要做什么操作或者工具处理？是用cuffdiff得到差异基因的diff文件吗还是其他什么？看live和视频里是到了cufflink这一步都弄懂了，但是cuffdiff和最后的RNA-Seq分析结果文件是什么还有点懵，请教大家啦

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-10 20:00

如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。

赞同 1 2评论

关于作者

: General浩曦 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-10 19:41

更新时间: 2018-09-10 20:00

关注人数: 2 人关注

相关问题

先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。: 1536 浏览 11 关注 10 回答 0 评论

耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索: 493 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 933 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题: 782 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？: 1074 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文: 1065 浏览 4 关注 4 回答 1 评论

RNA-seq count值和fpkm值不对应: 1314 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 690 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 97 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 659 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq差异分析: 838 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq count值和fpkm值不对应: 1314 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq logFC与pvalue: 487 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 928 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 629 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 sRNA_seq分析: 525 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1191 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图: 597 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 97 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024