什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2171: 浏览

什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

转录组比对

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-08 10:17

楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/size]

赞同 1 1评论

小赛尔注册会员用户来自于: 广东省
2018-09-07 23:27

已解决，normalized read count是read除以片段长度除以总read数，与RPKM可直接换算。

赞同 0 0评论

关于作者

: 小赛尔 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-07 13:13

更新时间: 2018-09-08 10:17

关注人数: 2 人关注

相关问题

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 2033 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

reads数越多，滑窗内GC含量降低: 1709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗: 2112 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？: 2379 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2569 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？: 987 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?: 1932 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

htseqcount和featurecount计数不一样: 1715 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢: 1306 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 1647 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1694 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 reads比对的统计: 1480 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 1586 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025