请问无参转录组的GO分析如何进行 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

7: 关注

1426: 浏览

请问无参转录组的GO分析如何进行

文章里面都是直接使用blast2go分析的，但是要999美元啊。伤不起，而且只想用一次。不知道小伙伴们有什么好办法。

好问题 0 评论收藏举报

6 回答

海王坑前台管理员用户来自于: 湖北省武汉市
2018-08-23 12:24

大致策略是，先要拼接得到无参物种的全长转录本，以全长转录本作为参考分析表达量算Fpkm等，但Go注释的话，还得将无参转录本比对到近缘有参物种基因组，用有参物种来GO注释。

赞同 1 0评论

zer0 注册会员用户来自于: 湖北省宜昌市
2018-08-23 11:23

我能得到GOid。就是不会富基。

赞同 0 1评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-28 10:35

现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~ 回头我专门写一个帖子讲这个事情。

赞同 0 1评论

公子小白注册会员用户来自于: 广东省
2018-08-22 20:48

Trinity有一套关于无参转录组分析的软件，从reads到GO富集分析

赞同 0 0评论

Kevin_Lyu 前台管理员用户来自于: 福建省莆田市
2018-08-22 21:41

用Trinotate是可以做Go注释的，具体用法的话可以去Trinotate的Wiki查看。

赞同 0 0评论

生信撰注册会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-27 22:13

或许这个网站的解答对你有帮助： http://www.biotrainee.com/thread-1773-1-1.html

赞同 0 0评论

关于作者

: zer0 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

5: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-22 19:43

更新时间: 2018-08-28 10:36

关注人数: 7 人关注

相关问题

如何判断GO号的层级？: 672 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？: 1048 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 1093 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

转录组测序问题: 910 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 544 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录本坐标转换成基因组坐标: 1100 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1023 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

R进行GO时出现No gene can be mapped....: 944 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图: 739 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢: 751 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 1107 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图: 739 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 R进行GO时出现No gene can be mapped....: 944 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问 SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map: 552 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 KEGG结果为空？: 966 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的: 879 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 505 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024