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请问无参转录组的GO分析如何进行

文章里面都是直接使用blast2go分析的，但是要999美元啊。伤不起，而且只想用一次。不知道小伙伴们有什么好办法。

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6 回答

海王坑前台管理员用户来自于: 湖北省武汉市
2018-08-23 12:24

大致策略是，先要拼接得到无参物种的全长转录本，以全长转录本作为参考分析表达量算Fpkm等，但Go注释的话，还得将无参转录本比对到近缘有参物种基因组，用有参物种来GO注释。

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zer0 注册会员用户来自于: 湖北省宜昌市
2018-08-23 11:23

我能得到GOid。就是不会富基。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-28 10:35

现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~ 回头我专门写一个帖子讲这个事情。

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公子小白注册会员用户来自于: 广东省
2018-08-22 20:48

Trinity有一套关于无参转录组分析的软件，从reads到GO富集分析

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Kevin_Lyu 前台管理员用户来自于: 福建省莆田市
2018-08-22 21:41

用Trinotate是可以做Go注释的，具体用法的话可以去Trinotate的Wiki查看。

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生信撰注册会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-27 22:13

或许这个网站的解答对你有帮助： http://www.biotrainee.com/thread-1773-1-1.html

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关于作者

: zer0 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-08-22 19:43

更新时间: 2018-08-28 10:36

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