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fcdslz 在 2018-09-20 22:09 发起了提问
Agilent 芯片数据分析
问答 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？
:
fcdslz 在 2018-09-20 11:18 发起了提问
芯片数据分析
问答 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？
孟浩巍: 一般来说是不可以的。
fcdslz 在 2018-09-19 19:50 发起了提问
Limma 芯片数据分析
问答 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。
孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。
fcdslz 在 2018-09-19 09:51 发起了提问
R语言
问答 求助：R语言中rm(list=ls())的函数化方式？
如题:
fcdslz 在 2018-09-12 19:02 发起了提问
芯片数据分析
问答 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？
ChongWu: Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expre...
fcdslz 在 2018-09-12 18:59 发起了提问
芯片数据分析
问答 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？
xiaoyingshi: 芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。   1个经历： 分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候...
fcdslz 在 2018-09-09 22:51 发起了提问
芯片数据分析
问答 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？
minipeach: 不能，需要取log
fcdslz 在 2018-08-31 22:08 发起了提问
芯片数据分析
问答 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？
孟浩巍: 我个人的理解是这样的，   1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。   2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...
fcdslz 在 2018-08-27 14:13 发起了提问
芯片数据分析
问答 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？
孟浩巍: take this [url]http://aroma-project.org/[/url]  
fcdslz 在 2018-08-24 22:29 发起了提问
Affy芯片 芯片数据分析
问答 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？
孟浩巍: 1. 以官方的cdf文件为准。 2. cdf文件一般不会变，因为记录的是探针的信息。 3. 在使用Bioconductor里面的默认注释文件的时候，一定要注意和你的芯片版本保持绝对一致。 4. 表达谱芯片几乎一定存在多个probe id对应1个gene id的情况。  
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