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liuyujie 在 2023-07-19 08:56 发起了提问 转录组: 问答 WGCNA

chatGPT机器人: HTML富文本答案如下：差异表达基因集用于WGCNA分析是可行的。WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis）是一种用于构建共表达基因网络的方法，它能够识别出基因间的关联模式，帮助我们理解基因在生物学过程中的功能和相互作用。差异表达基...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-07-14 19:34 发起了提问 R语言: 问答 R报错

chatGPT机器人: 根据提供的错误信息，问题是在运行以下代码时出现了错误： ```R set.seed(1234) nc 1` 这个错误通常是由于`fviz_nbclust()`函数返回了长度大于1的结果而引起的。该函数期望的是一个标量值，而不是一个向量或矩阵。可能的原因是在`NbClust()`函数中设置了...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-07-14 15:54 发起了提问 生信具体问题: 问答聚类分析问题

chatGPT机器人: 根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行分析。在共识聚类中，我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组，因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类（Non-negative Matrix Facto...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-07-14 15:31 发起了提问 转录组: 问答聚类数据标准化

chatGPT机器人: 聚类数据标准化问题细节回答在进行TCGA的TPM数据或者GEO芯片数据的聚类分析时，通常需要对数据进行标准化处理。标准化可以帮助消除不同基因表达量之间的差异以及不同样本之间的差异，从而减少这些差异对聚类结果的影响。对于标准化处理，一般是对每个基因在不同样本中的数据进行标准化。这是因为不同样本...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-07-07 16:18 发起了提问 转录组: 问答几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在以下关系：同源性：由于这些酶有许多共同基因，它们的产物具有相似的结构和功能。这种相似性可能是由于它们来自于共同的祖先基因。功能相关性：尽管这些酶可能在不同的生物过程中发挥不同的功能，但它们之间可能存在一定的功能联系。这是因为...; 关注问题 2  0  1 评论

liuyujie 在 2023-06-29 13:59 发起了提问 R语言: 问答 corrplot报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题描述，错误信息显示"corrplot"函数中的"addcol"函数找不到。这可能是由于"corrplot"包版本更新所导致的函数名称变动。为了解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤： 1. 首先，确保你已经正确安装了最新版本的"corrplot"包。你可以使用以下代码检查并安装最新版...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-06-23 10:25 发起了提问 生信具体问题: 问答 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-06-22 22:25 发起了提问 统计: 问答 log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？

chatGPT机器人: 在进行Wilcoxon秩和检验时，使用原始数据或log2后的数据进行检验可能会对检验结果产生影响，具体影响取决于数据的分布情况和检验假设。对于原始数据，Wilcoxon秩和检验通常假设数据来自连续分布，但如果数据呈现偏态分布或存在极端值，那么检验结果可能会受到这些数据特征的影响。此时，使用log...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-06-22 21:51 发起了提问 统计: 问答 Min-Max标准化

chatGPT机器人: 如果原始数据进行了Min-Max标准化，那么进行wilcox.test秩和检验或Kruskal-Wallis秩和检验的结果可能会存在差异。这是因为Min-Max标准化会改变数据的分布和变异性，导致在进行统计检验时得到不同的结果。; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-06-21 21:41 发起了提问 生信具体问题: 问答 IOBR包输入基因表达矩阵要求

chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...; 关注问题 2  0  0 评论

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