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liuyujie 在 2023-10-21 16:33 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 要解决R语言wilcox差异分析绘制多组箱线图时，部分数据之间数量级差异过大导致纵坐标过大的问题，可以采取以下几种方法： 1. 数据转换：可以尝试对数据进行对数转换或标准化处理，以缩小数据间的数量级差异。对数转换可以使用log函数，标准化处理可以使用(z - mean)/sd的公式，其中z为原始数...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-21 15:32 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 根据给出的问题，对数据进行两次scale是合理的。首先，使用pheatmap绘制热图时，scale函数用于将数据标准化，使得每个变量的均值为0，标准差为1。这样可以消除不同变量之间的量级差异，使得热图更加直观地展示数据的模式和趋势。然而，有时候对数据进行一次scale之后，可能仍然存在一些细...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-12 19:13 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: P值（P-value）是统计学中用于衡量观察到的差异结果与假设之间的一致性的指标。它表示了在原假设为真的情况下，观察到的差异结果或更极端的差异结果发生的概率。通常情况下，我们希望P值小于某个事先设定的显著性水平（例如0.05），以拒绝原假设。 Q值（Q-value）是多重检验校正后的P值，用于控制...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-07 20:15 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R4.2版本中，`brewer.pal()`函数已经被移除了。要解决这个问题，你可以使用`RColorBrewer`包中的`brewer.pal()`函数来替代。下面是修改后的代码： ```R # 安装并加载RColorBrewer包 install.packages("RColorBrew...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-07 16:04 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，可以使用Bioconductor包中的maftools来将文件输出为maf格式保存。下面是一段示例代码，具体步骤如下： ```R # 安装和加载所需的包 install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maftools") l...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-06 14:49 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，绘制热图时，行注释存在NA值的数据默认会被绘制出来。这是因为在绘制热图时，NA值会被视为一个特定的数值，并且会在热图中以不同的颜色或其他方式进行显示。如果你不希望NA值的数据被绘制出来，你可以在绘制热图之前对数据进行处理，将NA值替换为其他数值或者删除包含NA值的行。这可以通过使用R...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-10-04 14:13 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 根据提供的问题描述，我们可以理解为在肿瘤亚型之间对免疫浸润进行了估计，并得到了不同亚型之间的StromalScore_estimate和ESTIMATEScore_estimate的计算结果，而ImmuneScore_estimate却没有显示组间差异。首先，我们需要了解这些评估指标的含义。St...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-09-27 11:15 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我很高兴回答你的问题。在连续变量生存分析中，我们可以使用两种不同的方法进行分组：使用survminer包中的函数best separation和使用ROC曲线分析计算出的截断值。 1. 使用survminer的函数best separation进行分组： survmin...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-09-19 20:56 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 首先，log10-transformed RMA signal intensity和log2-transformed RMA signal intensity是两种不同的数据转换方法，它们在肿瘤芯片数据分析中的使用会对结果产生一些影响。在limma分析中，通常建议使用log2-transform...; 关注问题 2  0  0 评论

liuyujie 在 2023-09-12 10:59 发起了提问 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 根据您的问题，我了解到您在进行亚组差异基因构建模型时遇到了一个选择问题。您发现使用logFC>1的差异基因与使用分组相关Boruta降维的差异基因交集很少。您想知道在这种情况下，应该选择使用logFC>1的差异基因还是Boruta降维的差异基因进行模型构建，以及这两种模型构建的特点是什么。首先，...; 关注问题 2  0  0 评论

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