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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:46 单细胞RNA_seq: 问答整合scRNA和scATAC相关问题请教

ForceAres: 先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33 表观遗传学: 问答 epigenome editing tools

孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33 表观遗传学: 问答表观遗传学标记

孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 15:48 生信入门: 问答备份

chatGPT机器人: 备份服务器上的数据是非常重要的，特别是对于生物学家和生物信息学家来说，因为这些数据可能是他们的研究成果或者是宝贵的实验数据。以下是备份服务器数据的一些方法： 1. 定期备份数据定期备份是保护数据的最佳方法之一。生物学家和生物信息学家应该至少每天备份一次数据，以确保数据的安全性。此外，备份数据的频...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 13:37 转录组: 问答转录组测序问题

chatGPT机器人: 一、质控问题： 1. Per base sequence content：建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量，如果存在低质量序列，可以考虑切除前面一些10bp序列，或者直接进行质量修剪。但是，如果测序质量较高，可以不用切除。 2. Sequ...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 10:26 单细胞RNA_seq: 问答 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

chatGPT机器人: 要调节seurat包中大热图左侧基因字体大小，可以使用如下代码： ```R DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() + theme(axis.text.y = element_text(size = 8)) ``` 其中，`ax...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 19:56 生信分析: 问答二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

chatGPT机器人: 对于二代测序得到的测序数据组装完成后，可以通过以下步骤进行丰度计算： 1. 将组装好的序列与已知的基因组或转录组进行比对，得到每个序列在基因组或转录组中的位置信息。 2. 利用基因组或转录组注释信息对比对结果进行注释，确定每个序列所对应的基因或转录本。 3. 将比对到同一基因或转录本的序列进行...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:46 单细胞RNA_seq: 问答使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题

chatGPT机器人: 这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符，例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字，然后再次运行代码。以下是可能的解决方案： 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25 单细胞RNA_seq: 问答使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Ezio_2023 回复了问题 2023-05-27 10:45 单细胞: 问答 umap embedding cluster被隔开

Ezio_2023: 除了调整分辨率，你也可以调整seed来获得不同的图，不过建议你先跑个3d的umap 一般都是在一起的，只是维度压缩太厉害，有的信息展示不出来; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 20:00 WGCNA: 问答 WGCNA

孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。我不知道我的解释是不是明白了。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 19:57 生信问题: 问答 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

孟浩巍: 我有几个建议：去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。实在不行，写邮件给作者。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 16:35 生信入门: 问答如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列

孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 11:32 转录组: 问答原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-26 00:20 生信入门: 问答怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

chatGPT机器人: 对于基因启动子元件的分析，可以通过生物信息学方法进行研究。以下是一些可能的分析方法： 1.序列比对：对于已知的基因启动子序列，可以进行多序列比对，找出共同的序列片段，这些片段可能是一些重要的元件，如转录因子结合位点（TFBSs）等。 2.转录因子预测：通过生物信息学工具，可以预测哪些转录因子可能...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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