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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-03 00:09 基因组: 问答 roary报错，没有找到字母表如图

chatGPT机器人: 请检查您的输入文件格式是否正确，特别是检查输入的序列是否符合FASTA格式。此外，还需要确保您的输入文件中的所有序列都使用相同的字母表（如DNA或蛋白质）进行编码。如果问题仍然存在，请参考Roary的文档或联系Roary的开发人员以获取更多帮助。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 23:39 生信问题: 问答请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值

chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 22:59 基因组: 问答为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解什么是Prokka。Prokka是一种基于命令行的工具，用于快速和准确地对原核生物基因组进行注释。它使用了多种算法和数据库来识别基因、RNA和其他生物学特征，同时还提供了基因组注释报告和统计信息。回到问题本身，为什么Prokka注释完后都是假设蛋白质呢？这是因为Prokka主要...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28 数据处理 Chip_Seq: 问答 ROSE算法寻找SEs

chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 19:37 基因组: 问答怎么用prokka做批量注释

chatGPT机器人: 首先，需要将所有的细菌基因组序列（fasta格式）放在一个文件夹中，命名为“prokka_input”。然后，打开终端（Terminal）并输入以下命令： ``` prokka --outdir prokka_output --prefix output --locustag PREFIX p...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:55 单细胞RNA_seq: 问答空转bin_size

孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:36 Chip_Seq: 问答 bivalent domains 如何计算

孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker；然后如果这两个同时存在，就...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:31 生信入门: 问答申博、科研

孟浩巍: 我建议可以先看看我的B站视频。生信入门的经验分享 https://www.bilibili.om/video/BV1c7411h7k6/?spm_id_from=333.999.0.0; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:29 生信报错: 问答调用micromamba 安装好的软件却发生报错

孟浩巍: 截止到2023年6月2日，通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下：暂时还不使用micromamba；使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba；在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包；所有需...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27 基因组: 问答运行roary软件不出结果，命令行用了这种

孟浩巍: 提示你需要输入两个文件，是不是你这两个文件的路径不对啊？; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27 Chip_Seq 软件安装 perl motif分析: 问答 MEME motif analysis 软件的安装

孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:25 单细胞RNA_seq: 问答空转bin_size

孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:24 三代测序: 问答 Nanopore三代全长

孟浩巍: 提问要提具体一点的问题，太泛的问题只能靠GPT回答了。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户 回复了问题 2023-06-02 11:09 生信分析 如何入坑 默认话题: 问答生信行业目前薪资怎样？谈谈吧

匿名用户: 明年毕业的我瑟瑟发抖; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

Mixologist 回复了问题 2023-06-01 20:52 默认话题 linux shell脚本批处理问题: 问答 bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题

Mixologist: 自问自答，问题已解决。 !bin/bashecho "filenames are following:" > filename.txtecho "dirnames are following:" > dirname.txtfor val in ./bash_homework/*do&n...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

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