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: 生物信息学

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综合问题文章简介

usertq 回复了问题 2023-08-10 17:04 生物信息学 编程语言 生信具体问题: 问答请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:07 生物信息学 生信分析: 问答生存分析KM-plot问题

孟浩巍: 不可以。一定要用TPM，或者FPKM; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:05 生物信息学 生信分析: 问答生存分析KM-plot交叉问题

孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:39 生物信息学: 问答 smORF的鉴定方法

chatGPT机器人: smORF的鉴定方法 smORF是指短开放阅读框（small open reading frame），其长度一般小于100个氨基酸。由于smORF在基因组中数量众多，且在基因调控中发挥重要作用，因此对其鉴定方法的研究也越来越受到关注。下面是一些常用的smORF鉴定方法：基于ORF长度和编...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 09:08 生物信息学: 问答 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

chatGPT机器人: 在riboseq中，frame指的是核苷酸序列中的第几个碱基作为起始点。具体来说，当核苷酸序列被翻译成蛋白质时，每三个核苷酸组成一个密码子，而每个密码子都对应着一个氨基酸。因此，frame也可以理解为一个密码子的起始点。在riboseq中，frame通常是通过读取ribosome footpri...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章 2023年最新conda国内镜像源

2023年最新conda国内镜像源

conda镜像清华conda镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config...

生物信息学

赞同4  1155 浏览  1 评论 X Omics 2023-05-16 12:42

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:26 生信入门 生物信息学: 问答生信问题（我也不知道该怎么问）

孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

fengling 回复了问题 2018-10-10 18:44 生物信息学: 问答关于基因对某种疾病的影响的问题

fengling: 据我了解，一般分两种思路 A、做大数据分析，即：找N个患有此病的人和正常人，分别测一下这个基因是否存在突变。然后对比一下相关性 B、研究一下这个基因的作用和这个疾病的致病机理; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

minipeach 发起了提问 2018-10-10 17:13 生物信息学: 问答关于cox回归分析问题

请问cox单变量多变量分析是想说明什么问题？:; 关注问题 1  0  0 评论

stallworth 回复了问题 2018-10-02 15:32 生物信息学 生信入门 如何入坑: 问答生信到底如何入门？？？

stallworth: 进了实验室逼自己一把就入门了; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 6 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45 生物信息学 生信问题: 问答关于GO分析的问题

孟浩巍: 可以，但是有可能注释不全。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38 生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题: 问答关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 09:21 生物信息学 lncRNA: 问答如何筛选小鼠lncRNA?

孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-05 11:04 生物信息学 考研: 问答考研生物信息学院校推荐

海王坑: 其实国内并没有很多纯粹的生物信息学学院吧，看你自己的定位，结合自己的基础。如果自己是上游学科的基础，比如数学专业等出身，可以考虑算法开发往国外找找信息，国内老师大部分的方向还是在基于一个具体的研究，需要使用生信作为一门技术手段去分析数据，大部分处于一个下游学科方向，这样的话选择就挺多的了; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-03 14:05 生物信息学: 问答想要提取指定基因的行信息

minipeach: name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do grep $dd 5406.txt >> result1.txt done 这是我提取信息的脚本，其中name_deal.tx...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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