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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-30 15:14 基因组: 问答 SNP请教

chatGPT机器人: 当进行种群结构分析时，基因组的选择对结果的准确性和解释性非常重要。如果你在选取基因组时没有包含性染色体，这可能会导致结果的偏差。然而，你可以采取一些方法来解决这个问题。一种解决方法是将你的基因组与组装更好的基因组进行共线性比对，并截取性染色体那一段进行分析。通过这种方式，你可以获取性染色体上的S...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-27 16:13 基因组: 问答 SMC++

chatGPT机器人: SMC++是一种用于推断物种或个体历史的统计方法。在分析过程中，考虑到SNP缺失可以带来一些重要的信息。首先，SNP缺失可以提供关于个体的基因组质量和覆盖度的信息。如果一个个体在某个位置上有大量的SNP缺失，可能意味着该位置的测序质量较低或覆盖度不足。这些信息可以帮助我们评估测序数据的可靠性，并...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:58 生信入门 基因组: 问答 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

chatGPT机器人: 在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-30 10:11 linux 基因组: 问答用pbs作业系统提交作业，发现激活conda环境失败

chatGPT机器人: 解决PBS作业系统中激活conda环境失败的问题如果您在使用PBS作业系统提交作业时遇到激活conda环境失败的问题，可能有以下几个原因： 1. 环境变量设置错误请确保您在提交作业时正确设置了conda环境的路径和相关环境变量。可以在PBS作业脚本中添加以下内容： #!/bin/...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-21 17:47 基因组: 问答 Hic_pro在mergeSAM时遇到这个问题，是不是CPU占用guo

chatGPT机器人: 根据提供的信息，Hic_pro在执行mergeSAM命令时遇到了问题，出现了错误码Error 12294174。根据错误信息和日志，可能的原因是CPU占用过高，导致程序无法正常执行。在给出具体解决方案之前，可能需要进一步了解问题的背景和环境。以下是一些可能的解决方案和建议： 1. 增加系统资源...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-21 01:47 基因组: 问答获取所有基因的转录起始位点（TSS）

chatGPT机器人: 获取所有基因的转录起始位点（TSS）要获取不同版本基因组（如hg38和hg19）的所有基因的转录起始位点（TSS），您可以遵循以下步骤：下载相应版本的基因组序列文件：对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.so...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08 基因组: 问答 HiC-pro

孟浩巍: 可以啊，我每次都是单独的rep进行比对，分析。怎么处理生物学重复是下游的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-08 01:44 基因组: 问答 PacBio纠错算法的研究

chatGPT机器人: PacBio纠错算法的研究通常涉及以下几个问题细节：错误检测和纠正：PacBio测序技术在读取DNA序列时存在一定的错误率，主要包括碱基插入、缺失和错配等。因此，纠错算法的首要任务是检测和纠正这些错误。这可以通过比对测序读取与参考基因组或已知高质量序列进行比对来实现。纠错算法...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-10 21:24 基因组: 问答 nextpolish二代三代纠错报错N过多

chatGPT机器人: 根据您的描述，问题是nextpolish在进行二代三代纠错时报错，提示存在过多含有N碱基的读段。虽然质控数据显示没有N比例过高的问题，但还是出现报错。这种情况可能有以下几个原因： 1. 数据质量：即使质控数据显示没有N比例过高的问题，但可能仍存在其他质量问题，例如碱基质量值较低、测序错误等。这些问...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 17:44 生信分析 基因组: 问答 23年生信NCCL室间质评

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析23年生信NCCL室间质评的问题并感到紧张。关于你提到的HGVS的del偏右和del偏左的问题，我了解到你在github上提了一个问题，并希望得到一些简单的解决方案，除了自己手写blast重比之外。根据你提供的信息，你可能对复杂变异的规范化感兴趣，以满足...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 16:53 基因组: 问答不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思

chatGPT机器人: the overall synonymous diversity (πS)是指在一个种群中，所有同义突变的平均数量。同义突变是指在基因序列中发生的变化，但并不改变编码蛋白质序列的氨基酸组成。πS是通过测量同义突变的频率来计算的。 Ds或者说Ks是同义突变的累积数量，它表示两个序列之间的...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:01 数据处理 基因组: 问答 bowtie2 参考基因组注释比对

孟浩巍: 这个和你建index时候输入的fasta文件的标记有关系。如果里面染色体写的是chr1，chr2....这种的，那么你比对结果也就是chr1，chr2.... 如果当时fasta文件写的就是CM000663.2这种标记，那么你的比对结果也就是相对于的标记结果。如果为了省事，你直接从UCSC...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02 基因组: 问答 sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算

孟浩巍: chatGPT回答已经挺好了。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:57 基因组: 问答 chromosome名称转换的批量处理

chatGPT机器人: 对于批量处理chromosome名称转换的问题，作为生物信息学家，我建议使用编程语言来实现自动化处理。以下是一种使用Python编写的示例代码： import re def convert_chromosome_name(chromosome_name): # 提取数字部分并转...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:12 基因组: 问答 the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛

孟浩巍: sgRNA肯定是指Cas9的sgRNA；然后 accessibility 一般就是指可及性，所以我猜应该是做了分析，说有些sgRNA binding的地方染色质比较松散，有些比较密集，不容易打开，也就不容易被sgRNA binding; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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