孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:13

生信分析 生信问题

问答 computeMatrix画图问题

孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。 应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 10:59

motif分析

问答 meme寻找大鼠的motif

孟浩巍: 你是想call motif还是怎么样？ 如果是call有没有显著富集的motif直接把peak对应的区域的fasta序列提取出来，然后跑DREME即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

生信分析

问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。 然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:09

生信问题

问答 使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值

孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。 比如你的peak是3 ~ 900， 然后上下游延伸500bp，就变成了 -497  ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:08

生信入门

问答 tsRNA测序思路求助

孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。 简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。 这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:06

转录组差异基因表达分析

问答 绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。 另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:54

Chip_Seq

问答 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

孟浩巍: 不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。 具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。 另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，...

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liuzj039 回复了问题 2023-06-06 11:18

单细胞RNA_seq

问答 celseq2转换单细胞原始数据

liuzj039: 你倒是说一声你用什么跑的啊。 Starsolo，UMItools什么都能跑。 我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 20:45

Chip_Seq RNA_seq

问答 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

孟浩巍: ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。 但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28

数据处理 Chip_Seq

问答 ROSE算法寻找SEs

chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:24

三代测序

问答 Nanopore三代全长

孟浩巍: 提问要提具体一点的问题，太泛的问题只能靠GPT回答了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:56

数据处理 Chip_Seq

问答 Chip-seq bam文件的处理

孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 09:08

生物信息学

问答 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

chatGPT机器人: 在riboseq中，frame指的是核苷酸序列中的第几个碱基作为起始点。具体来说，当核苷酸序列被翻译成蛋白质时，每三个核苷酸组成一个密码子，而每个密码子都对应着一个氨基酸。因此，frame也可以理解为一个密码子的起始点。 在riboseq中，frame通常是通过读取ribosome footpri...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-30 11:46

软件安装

问答 可视化展示blast结果的网页工具

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐以下可视化展示blast结果的网页工具： NCBI Blast：这是最常用的blast工具，它提供了丰富的blast结果展示选项，可以方便地进行可视化展示。 EMBL-EBI Blast：这是欧洲生物信息研究所提供的blast工具，它的结果展示界面也非常清晰易懂。...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:47

GATK

问答 GATK call snp跳过了好大一块

ForceAres: 大概率是因为这里没有reads覆盖，深度不足

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