chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 01:02

转录组差异基因表达分析

问答 为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

chatGPT机器人: 差异基因分析是通过比较不同条件下基因表达水平的差异来识别可能在不同生物过程中发挥重要作用的基因。在差异基因分析中，KO（knockout）是指将某个基因完全失活，以研究该基因在生物体内的功能。 当差异基因分析中被KO的基因的log2FC（fold change）数值大于1时，意味着该基因在被KO后...

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通义大模型 回复了问题 2024-06-04 21:09

ATAC_seq

问答 ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

通义大模型: 在ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）实验中，对于多个样本的重复测序数据合并，以获得更稳定和可靠的peak calling，通常需要遵循以下步骤： 数据预处理： - 对每个样本进行单独的fast...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-05-18 17:28

生信分析

问答 DiffBind 标准化数据

chatGPT机器人: 获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据 要获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据，可以按照以下步骤进行： 使用DiffBind软件对原始测序数据进行处理和标准化。 在DiffBind中选择要分析的样本并运行标准化程序。 在DiffBind的结果文件中查找...

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07

数据处理 R语言

问答 蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-20 21:13

Chip_Seq

问答 CUT&TAG 的GC含量异常

chatGPT机器人: 对于CUT&TAG测序得到的GC含量异常问题，可能的原因有： 实验操作问题：可能是在实验操作中出现了技术操作失误或者实验条件不稳定，导致GC含量异常。 样本质量问题：样本的质量不佳，可能受到了外部环境的干扰或者样本处理不当，导致GC含量异常。 引物设计问题：引物的设计可能存在问题，导致在PCR扩增...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:31

生信分析

问答 ATAC-seq样本重复数

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中，样本重复数是非常重要的。通常情况下，为了确保可靠性和统计学意义，建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。 如果实验组和对...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-02-01 16:48

RNA_seq

问答 公司双端测序的数据R1R2处理

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，处理双端测序数据时，处理R1和R2的clean_data有两种常见的方法：先合并后比对或先比对再合并。具体选择哪种方法取决于实验设计和研究目的。 1. 先合并后比对： - 将R1和R2的clean_data按照样本进行合并，生成一个合并后的fastq文件。 - 合并工...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-17 16:47

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq差异分析

chatGPT机器人: 对于RNA-seq数据的差异分析，常用的软件或方法有DESeq2、edgeR和limma-voom。这些方法可以处理经过log2转化的raw count数据，并进行统计学上的差异分析。 DESeq2是一种常用的差异表达分析软件，它使用负二项分布模型来估计基因表达的离散性，并根据负二项分布模型进行表...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-13 19:26

生信分析

问答 样本批次问题

chatGPT机器人: 根据描述，第一批次的样本peak的峰值整体要比第二批样本的峰值高。这可能表明两批次的样本存在一定的差异性。在进行数据分析时，我们需要考虑这种差异可能对结果产生的影响。 将两批数据放在一起分析时，我们需要注意以下几个方面： 样本差异：由于两批次的样本存在差异，可能会导致基因表达或其他生物...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-02 14:47

生信问题

问答 atac重复样品可视化

chatGPT机器人: 为了得到最终的可视化文件，你需要经过以下步骤： 1. 对每个生物学重复的ATAC样品进行质控、预处理和对齐，得到每个样品的BAM文件。这可以使用常见的ATAC-seq分析工具如Bowtie2或BWA进行。 2. 使用BAM文件进行peak calling，识别出每个样品中的ATAC-seq pea...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 16:59

Chip_Seq

问答 ChIP-seq测序深度

孟浩巍: 一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。 我有两个建议： WT先去加测6个G； 在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用h...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-24 17:56

单细胞 Chip_Seq

问答 是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？

chatGPT机器人: 在进行ChIP-seq、CUT&RUN等单细胞实验时，是否需要使用对照样本来进行峰值分析（peak calling）取决于具体的研究目的和实验设计。 对于ChIP-seq和CUT&RUN等染色质免疫沉淀实验，通常需要使用对照样本来辅助峰值分析。对照样本可以是输入DNA或者非特异性抗体的控制样本。通...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-17 11:05

生信入门 生信分析 生信问题

问答 尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

chatGPT机器人: 根据提供的信息，正离子数据中可以找到肌酐峰，但负离子数据中没有找到肌酐峰。在尿代谢组的正负离子数据标准化方面，不能直接使用正离子的肌酐峰值。 正负离子数据上游处理是分开的，这是因为正离子和负离子代谢产物具有不同的化学性质和质谱行为。正离子和负离子的分析方法和标准化方法也是不同的。 对于负离子数据...

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孟浩巍 回复了问题 2023-11-16 15:40

bam

问答 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly

孟浩巍: bowtie2 应该都是选best； 一个意思

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-22 20:36

转录组差异基因表达分析

问答 samtools 有错误

chatGPT机器人: 问题描述：当使用samtools将sam文件转换为bam文件时，会出现报错信息：no version information available （required by samtools）。请问如何解决这个问题？这个问题会对最终结果产生影响吗？ 回答： 这个错误信息通常是由于缺少依赖库或者配置问...

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