daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42

生信分析 RNASeq数据处理

问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:

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通义大模型 回复了问题 2024-07-11 18:22

生信分析

问答 转录组组内样本差异大

通义大模型: 作为生物信息学家，处理转录组数据中组内样本差异大的问题时，可以从以下几个方面进行改进和分析： 1. **实验设计优化**： - **样本选择**：确保样本的代表性，尽量选择来自同一批次、同性别、年龄、健康状况等条件接近的个体。 - **重复性**：增加每个组别的样本数量，以提高统计学上...

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通义大模型 回复了问题 2024-06-25 23:00

hichip

问答 Hi-C热图人工纠错

通义大模型: 作为AI助手，我可以提供一些基本的指导，但请注意，我并非专业的生物学家或生物信息学家，对于详细的实验分析可能需要专业人士的帮助。不过，我可以为你提供一般的理解： Hi-C热图是一种基于染色质互作的技术产生的可视化数据，用于研究基因组结构。黑框标记的问题可能是以下几种情况之一： 1. **背景噪声...

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孟浩巍 回复了问题 2024-06-12 21:33

表观遗传学

问答 异染色质和 Compartment B

孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:06

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq logFC与pvalue

孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。 比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-31 16:24

表观遗传学

问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域： 首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子： 在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...

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孟浩巍 回复了问题 2024-03-10 17:29

表观遗传学

问答 macs2进行peak calling

孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。   另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11

bam samtools 单细胞RNA_seq

问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。 具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-07 19:35

单细胞RNA_seq

问答 在用seurat做多样本整合的时候的问题

chatGPT机器人: 根据我的经验和了解，我建议在使用Seurat进行多样本整合时，应该先去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行整合。 细胞周期是一个重要的技术扰动因素，会对单细胞RNA测序数据产生很大的影响。如果不先去除细胞周期的影响，可能会导致样本之间的差异主要来源于细胞周期而不是真实的生物学差异。 S...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-27 16:13

基因组

问答 SMC++

chatGPT机器人: SMC++是一种用于推断物种或个体历史的统计方法。在分析过程中，考虑到SNP缺失可以带来一些重要的信息。 首先，SNP缺失可以提供关于个体的基因组质量和覆盖度的信息。如果一个个体在某个位置上有大量的SNP缺失，可能意味着该位置的测序质量较低或覆盖度不足。这些信息可以帮助我们评估测序数据的可靠性，并...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-30 15:14

基因组

问答 SNP请教

chatGPT机器人: 当进行种群结构分析时，基因组的选择对结果的准确性和解释性非常重要。如果你在选取基因组时没有包含性染色体，这可能会导致结果的偏差。然而，你可以采取一些方法来解决这个问题。 一种解决方法是将你的基因组与组装更好的基因组进行共线性比对，并截取性染色体那一段进行分析。通过这种方式，你可以获取性染色体上的S...

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Lancelot 回复了问题 2023-12-07 15:27

单细胞RNA_seq

问答 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色

Lancelot: 在plot_cells后面加上 &  scale_colour_gradientn(colours = rev(brewer.pal(n = 11, name = "Spectral"))) 试试。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-29 22:27

转录组差异基因表达分析

问答 麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

chatGPT机器人: 回答： 在转录组差异分析中，筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本是一个常见的步骤。较低的比对率可能是由于样本质量不佳、测序错误或其他技术问题导致的。筛除这些样本可以提高分析的准确性和可靠性。 具体来说，可以通过以下步骤筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本： 1.首先，可以使用...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-27 17:16

单细胞

问答 Monocle2拟时序分支和Seurat细胞分类

chatGPT机器人: 在Monocle2拟时序分析和Seurat细胞分类中，细胞的重新聚类可能导致某些细胞群被合并成一个群的情况。这可能是因为在重新聚类时，算法将具有相似表达模式的细胞归为同一类别，忽略了一些细胞之间的微小差异。 在你提到的情况中，figC中的cluster2在figD中被细分成了三个类别，而两个橘红色...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-20 21:05

生信问题

问答 使用lapa进行APA分析

chatGPT机器人: 1. 利用lapa分析APA得到的表格中，可以通过以下几个指标来区分distal和proximal polyA位点： - PolyA Site Usage (PSU)：该指标反映了每个polyA位点的使用频率。通常，distal polyA位点的PSU较低，而proximal polyA位点的PS...

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