孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 20:00

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。 我不知道我的解释是不是明白了。

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-24 22:53

R语言 R语言分析数据

问答 R语言剔除异常值时报错缺失值

anwser_of_GPT: 从你的代码和报错信息来看，问题可能出在这一行： Dat[, i] <- as.numeric(as.character(Dat[, i]))#将目标列修改为数值型变量 这一行代码的目的是将数据框的列转换为数值型变量。但是，如果这一列中有不能转换为数值的元...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 12:06

WGCNA

问答 WGCNA图

chatGPT机器人: 要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) #...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 11:30

R语言软件包安装

问答 R package 安装问题

孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 14:54

R语言分析数据

问答 xtail分析translation efficiency

chatGPT机器人: 根据提供的结果表格，可以看到所有的样本在pvalue.adjust这一列的值都非常接近于0.998657，而pvalue_final列的值则有所不同。这是由于xtail在计算pvalue_final时使用了一种类似于贝叶斯方法的修正，以提高其准确性和可靠性。因此，应该以pvalue_final作为判...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 14:35

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 1. 从h图看，好像分模块问题不是很大。 2. 选择6， 7， 8我感觉都差不多； 3. 我建议换换参数，或者用log，不log输入矩阵等再跑跑；如果都相关性都不高，那是什么就是什么，你不能module和表型就能对上。

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契卡 回复了问题 2018-10-13 19:54

rstudio_server

问答 windows10子系统安装Rstudio-server失败

契卡: 实验过了，会发生同样的报错。我搜了下在子系统、Docker下都有报错，很可能是这类环境的通病吧。

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刘上 回复了问题 2018-09-18 09:09

stringtie

问答 stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID

刘上: 这是孟叔图片来源的转录组分析文章，以及自己整理的这篇文章的转录组分析流程

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SkiesShawn 发起了提问 2018-09-16 11:23

R Lolliplot

问答 Lolliplot

怎么用GenomicRanges/GRanges实现Lolliplot，进行突变位点的可视化？:

关注问题 1  0  1 评论

笨阿牛 回复了问题 2018-09-07 10:51

RStudio

问答 服务器linux系统上安装Rstudio和相应配置问题？

笨阿牛: 这个问题对于孟神来讲是很简单的！但是对于新手入门的话，还是需要一个感同身受的教程的。作为一个新手，我之前在网上搜教程，安装了一个不能绘图的12版本，又不会卸载，只能重装系统了，咳咳！ 这个问题和我之前提问的一样，我已经解决了！这个是别人提供的教程，亲测可行！ [url]https://www.rst...

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minipeach 回复了问题 2018-09-01 14:03

问题求解 heatmap

问答 画heatmap出现错误提示

minipeach: 你数据中有缺失值？

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sdge 回复了问题 2018-08-28 16:00

Bioconductor

问答 bioconductor的问题

sdge: 多谢坑主 去掉www貌似也不行> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection to 'h...

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