孟浩巍 回复了问题 2023-06-29 23:58

差异基因软件比较

问答 trimmomatric使用报错

孟浩巍: 以上报错，看不出具体的问题。 大概率还是要从你输入的数据的完整性上考虑。 看看是不是输入的数据下载不完整或者其他啥原因。 也可以试试cutadapt。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:14

统计

问答 log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？

孟浩巍: log函数不改变单调性，所以不影响排序，也就自然不影响秩和检验结果。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-29 23:57

conda

问答 conda安装mamba问题

孟浩巍: mac电脑哪怕是M1芯片的，也要安装x86 conda，否则可能会出现没有包的情况； 你这个大概率是channel没设置好。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-29 23:56

数据处理 linux

问答 linux bam数据替换

孟浩巍: 这个操作有点奇怪，因为如果上面换了，后面的alignment内容也得换。 如果都换就直接一行一行处理按字符串替换即可。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 14:07

R语言

问答 corrplot报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题描述，错误信息显示"corrplot"函数中的"addcol"函数找不到。这可能是由于"corrplot"包版本更新所导致的函数名称变动。为了解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤： 1. 首先，确保你已经正确安装了最新版本的"corrplot"包。你可以使用以下代码检查并安装最新版...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:57

基因组

问答 chromosome名称转换 的批量处理

chatGPT机器人: 对于批量处理chromosome名称转换的问题，作为生物信息学家，我建议使用编程语言来实现自动化处理。 以下是一种使用Python编写的示例代码： import re def convert_chromosome_name(chromosome_name): # 提取数字部分并转...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:47

数据处理 linux Chip_Seq

问答 ROSE包 分析Super Enhancer

chatGPT机器人: 首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因： 数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。 数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-27 20:35

WGCNA

问答 WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

chatGPT机器人: 在WGCNA中，hub基因是指在一个模块中具有更多连接边的基因。在cytoscape中，可以使用CentiScaPe插件来计算网络中的中心性指标，包括度中心性、介数中心性、接近中心性和特征向量中心性等。其中，度中心性是指节点的度数，即与该节点相连的边数，是最简单的中心性指标；介数中心性是指节点在网络...

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m_c4a8ad607c962ad7df237d17a9b77ffb 回复了问题 2023-06-27 09:24

linux conda

问答 conda频道配置

m_c4a8ad607c962ad7df237d17a9b77ffb: (11条消息) ConfigurationLoadError: Unable to load configuration file. path: C:\Users\XiaoWang\.condarc reas_旅途中的宽~的博客-CSDN博客

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:15

统计

问答 Min-Max标准化

孟浩巍: 和之前的问题类似，关键问题你得明白秩和检验是在做什么。 简单来说，操作改变数据排序，就有影响；反之则对秩和检验结果没有影响。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-25 16:14

生信入门

问答 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理

chatGPT机器人: XPCLR_score的inf值表示在该窗口内没有发现明显的选择信号。这种情况下，XPCLR_score被定义为正无穷大。在实际处理中，我们应该将XPCLR_score的inf值设置为一个较大的数字（例如9999），以便在后续的数据分析中能够区分这些值。另外，我们可以将XPCLR_score的inf...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:13

生信分析 生信问题

问答 computeMatrix画图问题

孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。 应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:12

基因组

问答 the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛

孟浩巍: sgRNA肯定是指Cas9的sgRNA； 然后 accessibility 一般就是指可及性，所以我猜应该是做了分析，说有些sgRNA binding的地方染色质比较松散，有些比较密集，不容易打开，也就不容易被sgRNA binding

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-23 10:34

生信具体问题

问答 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-22 16:03

表观遗传学

问答 poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢

chatGPT机器人: Poor oligo synthesis是指寡核苷酸合成质量不佳或合成效率低下的现象。寡核苷酸是指由2-100个核苷酸单元构成的短链，常用于PCR扩增、基因克隆等分子生物学实验中。寡核苷酸的合成质量和效率对实验结果具有重要影响，因此需要注意寡核苷酸合成的条件和质量。

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