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人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

对人源细胞系进行ATAC-seq，找公司技术进行建库、测序。返回的数据显示只有50%左右的比对率，其余reads匹配到了支原体上，存在明显的支原体污染。公司给的方案是可以doule一下测序量，剔除掉支原体reads再进行下游分析，请问这是可行的吗？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-30 14:58

根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答：

这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的reads可以正确地映射到人源基因组上。同时，通过剔除支原体reads，可以减少支原体的干扰，使得下游分析更加准确和可靠。

然而，需要注意的是，仅仅通过增加测序量和剔除支原体reads并不能完全解决支原体污染的问题。支原体污染可能来自实验过程中的交叉污染，因此在处理样本和实验操作时需要更加谨慎。此外，为了更准确地评估污染情况，建议进行支原体的定量检测和鉴定，以确定污染的种类和程度。

综上所述，增加测序量并剔除支原体reads是处理ATAC-seq数据中支原体污染的可行方法之一，但仍需要注意实验操作和样本处理的规范性，并结合支原体的定量检测和鉴定来全面评估和解决污染问题。

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发布时间: 2023-06-30 14:49

更新时间: 2023-06-30 14:58

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