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人源细胞系ATAC-seq比对率较低,显示支原体污染,如何处理?

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-30 14:58
根据提供的问题细节,如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低,并存在明显的支原体污染,公司提出的方案是增加测序量,并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答:

这个方案是可行的,并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率,使得更多的reads可以正确地映射到人源基因组上。同时,通过剔除支原体reads,可以减少支原体的干扰,使得下游分析更加准确和可靠。

然而,需要注意的是,仅仅通过增加测序量和剔除支原体reads并不能完全解决支原体污染的问题。支原体污染可能来自实验过程中的交叉污染,因此在处理样本和实验操作时需要更加谨慎。此外,为了更准确地评估污染情况,建议进行支原体的定量检测和鉴定,以确定污染的种类和程度。

综上所述,增加测序量并剔除支原体reads是处理ATAC-seq数据中支原体污染的可行方法之一,但仍需要注意实验操作和样本处理的规范性,并结合支原体的定量检测和鉴定来全面评估和解决污染问题。

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发布时间
2023-06-30 14:49
更新时间
2023-06-30 14:58
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