ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2939: 浏览

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

生信分析

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 20:15

回答：ChIP-seq的bigwig文件通常不使用rpkm值来过滤信号，因为rpkm值是用于RNA-seq数据的表达量计算的指标。在ChIP-seq中，我们通常使用peak calling的算法来识别已经被转录因子结合的DNA区域。然后，我们可以使用这些peak的信号强度来进行后续的分析，例如富集分析、GO分析等。通常使用一定的信号阈值来筛选peak，但这个阈值应该根据实验的具体情况进行调整，而不是简单地使用rpkm值为标准。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 20:11

更新时间: 2023-06-30 00:05

关注人数: 2 人关注

相关问题

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 2249 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 6344 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

ChIP-seq测序深度: 3038 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 2780 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 4234 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

选择信号检测XP-CLR: 3989 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 3354 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？: 2463 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 3697 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 3675 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 2099 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 3684 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 Monocle3绘制自定义轨迹错误: 3700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2766 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问宏基因组注释率超低: 2742 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 3108 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 2836 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 3291 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 2204 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 2689 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026