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ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗?

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-26 20:15
回答:ChIP-seq的bigwig文件通常不使用rpkm值来过滤信号,因为rpkm值是用于RNA-seq数据的表达量计算的指标。在ChIP-seq中,我们通常使用peak calling的算法来识别已经被转录因子结合的DNA区域。然后,我们可以使用这些peak的信号强度来进行后续的分析,例如富集分析、GO分析等。通常使用一定的信号阈值来筛选peak,但这个阈值应该根据实验的具体情况进行调整,而不是简单地使用rpkm值为标准。

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发布时间
2023-06-26 20:11
更新时间
2023-06-30 00:05
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