chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

998: 浏览

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

生信分析

chipseq分析，原始文件fastq双端测序150bp，用trim_galore过滤后怎么截取DNA长度小于等于260bp的数据接着进行后续的mapping？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-15 10:46

可以使用fastp软件进行截取，具体步骤如下： 1. 安装fastp软件。 2. 运行以下命令，截取DNA长度小于等于260bp的数据： ``` fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2.fastq --length_required 260 ``` 其中，input_R1.fastq和input_R2.fastq分别是双端测序的原始fastq文件，output_R1.fastq和output_R2.fastq是截取后的输出文件，--length_required参数指定了截取后的最小长度为260bp。 3. 使用截取后的fastq文件进行后续的mapping分析。可以使用常用的mapping软件，如Bowtie、BWA、STAR等。需要注意的是，截取DNA长度可能会影响到mapping的结果，因此应根据实际情况进行调整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-15 10:41

更新时间: 2023-06-15 21:40

关注人数: 2 人关注

相关问题

怎么从ncbi上下载gbff格式的文件: 1111 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于蛋白质文件的疑问: 919 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题: 1074 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux系统中使用fastqc报错: 1245 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 1133 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38: 1155 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 647 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 930 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 643 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 675 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 785 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 1106 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?: 594 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问转录组组内样本差异大: 529 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 1437 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 699 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1123 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 891 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问纤维二糖功能: 1335 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 815 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024