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kraken2软件运行时内存分配的问题

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-06-07 17:25

可以通过在运行kraken2之前,先估算样本大小和可用内存大小,来判断样本是否会导致内存溢出。如果判断样本大小会导致内存溢出,可以在运行大样本前手动释放缓存,以腾出更多内存空间。具体方法如下:

  1. 通过计算样本的大小和系统可用内存的大小,来预估运行kraken2所需的内存空间。可以使用如下命令来获取系统可用内存大小: Bash free -m 该命令会输出系统可用内存的大小,以MB为单位。同时,可以通过查看kraken2的文档,来获取样本的大小和kraken2运行所需的内存大小。
  2. 如果预估的运行所需内存大于系统可用内存,就需要手动释放缓存来腾出更多内存空间。可以使用如下命令来释放缓存: Bash sudo sysctl -w vm.drop_caches=3 该命令会释放文件系统缓存,以腾出更多内存空间。同时,也可以通过关闭一些运行中的程序或服务,来腾出更多内存空间。
  3. 释放缓存之后,再运行kraken2,以保证运行不会出现内存溢出的问题。如果运行过程中发现内存使用过高,可以使用上述方法,手动释放缓存来腾出更多内存空间。 总之,通过预估样本大小和可用内存大小,以及手动释放缓存来腾出更多内存空间,可以有效避免kraken2运行时内存分配的问题,以及内存溢出导致的程序崩溃。

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发布时间
2023-06-07 17:14
更新时间
2023-06-07 20:29
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