GEOquery下载GEO数据软件报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2512: 浏览

GEOquery下载GEO数据软件报错

小弟我R刚入门，正在学习使用R软件GEOquery包下载数据，使用getGEO后弹出以下错误提示： Error in get0(oNam, envir = ns) : cannot open file 'C:/Users/Kumawife/Documents/R/win-library/3.5/stringi/R/stringi.rdb': No such file or directory In addition: Warning message: In get0(oNam, envir = ns) : restarting interrupted promise evaluation 虽然报错，但是仍然在目的地文件夹里面找到了一个压缩文件：GSE36552_series_matrix.txt.gz 求各位帮忙看看怎么解决~~ 谢谢大家！

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:53

windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]

赞同 1 2评论

关于作者

: Madmax 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 18:57

更新时间: 2018-08-23 21:58

关注人数: 4 人关注

相关问题

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1816 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

rna-seq数据校正: 1886 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 1677 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 957 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

Hichip得到loop数据如何注释？: 1840 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

DiffBind 标准化数据: 1461 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2765 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SRA 数据批量下载: 2688 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 2390 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问基因互作网络和蛋白互作网络: 1761 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bioconductor的问题: 2015 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 2368 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 1996 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 1413 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 2249 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？: 2509 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问转录组数据样本聚类结果不理想: 1912 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 2034 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025