整合scRNA和scATAC相关问题请教 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1046: 浏览

整合scRNA和scATAC相关问题请教

单细胞RNA_seq

目前有一组scATAC数据（10k细胞），还有几组scRNA数据（共50k细胞），想要整合在一起。

请教大佬，有没有推荐的工具可以一次性整合scRNA多个样本和scATAC，去除scRNA批次效应的同时也整合scATAC。

另外有没有大佬用过liger这个包，上述数据在用它整合的时候，scaleNotCenter这一步巨慢一夜都没完成（之前1个scATAC1个scRNA的时候记得挺快的），有大佬知道是什么原因吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

ForceAres 初级会员用户来自于: 江苏省镇江市
2023-05-29 10:46

先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如

Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

赞同 0 2评论

关于作者

: 小明在做游戏 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

7: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-27 11:33

更新时间: 2023-05-29 10:46

关注人数: 2 人关注

相关问题

单细胞数据整合: 863 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

如何结合ChatGPT和其他相关软件查询文献: 763 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 1012 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

关于基因间的相关性分析: 916 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 720 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 927 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bulk-RNAseq数据集整合: 1078 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

EVM整合基因组注释: 831 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请教多个scRNA样本整合问题: 839 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 924 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 singularity查到不到指定输入文件位置: 1134 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 949 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞seurat对象的基因过滤: 2572 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问空转bin_size: 719 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 2115 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 celseq2转换单细胞原始数据: 904 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 658 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 834 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？: 1078 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024