整合scRNA和scATAC相关问题请教 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2061: 浏览

整合scRNA和scATAC相关问题请教

单细胞RNA_seq

目前有一组scATAC数据（10k细胞），还有几组scRNA数据（共50k细胞），想要整合在一起。

请教大佬，有没有推荐的工具可以一次性整合scRNA多个样本和scATAC，去除scRNA批次效应的同时也整合scATAC。

另外有没有大佬用过liger这个包，上述数据在用它整合的时候，scaleNotCenter这一步巨慢一夜都没完成（之前1个scATAC1个scRNA的时候记得挺快的），有大佬知道是什么原因吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

ForceAres 初级会员用户来自于: 江苏省镇江市
2023-05-29 10:46

先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如

Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

赞同 0 2评论

关于作者

: 小明在做游戏 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

7: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-27 11:33

更新时间: 2023-05-29 10:46

关注人数: 2 人关注

相关问题

关于基因间的相关性分析: 1784 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 1991 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

cut tag 测序相关问题: 1962 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1639 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 1706 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何结合ChatGPT和其他相关软件查询文献: 1381 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1651 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1931 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 1339 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bulk-RNAseq数据集整合: 1953 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 1339 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1997 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 2285 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 3582 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 2121 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 1651 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Monocle3绘制自定义轨迹错误: 2198 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 1489 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025