该问题已被锁定!
2
关注
1049
浏览

整合scRNA和scATAC相关问题请教

查看全部 3 个回答

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-27 11:42
感谢您的提问。针对这个问题,我可以给您提供以下建议: 1. 整合scRNA和scATAC数据需要使用一些特定的工具,比如Seurat、Scanpy和SnapATAC等。这些工具都可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据,并去除批次效应。此外,一些新的方法,如Harmony和Integrative Non-negative Matrix Factorization (iNMF)等,也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。 2. LIGER是一个流行的工具,也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。scaleNotCenter步骤可能会比较慢,这可能是由于数据量较大或计算机性能不足造成的。您可以尝试将数据分割成较小的块进行处理,或者使用更高性能的计算机。另外,也可以尝试使用其他整合工具。 希望这些建议可以对您有所帮助。

关于作者

问题动态

发布时间
2023-05-27 11:33
更新时间
2023-05-29 10:46
关注人数
2 人关注

相关问题

在用seurat做多样本整合的时候的问题
harmony整合样本前需要分别预处理吗?
通过富集得到了一些信号通路,我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的,如何实现呢?
​单细胞RNA-seq,如何计算不同cluster之间的相关性
scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗?
不同测序平台的scRNAseq数据集整合(10✖️、smart-seq)
DoubletfFinder Pk值相关计算的问题
cut tag 测序相关问题
亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程?
关于基因间的相关性分析

推荐内容

scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗?
空转bin_size
单细胞多样本熵分析样例代码
如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据?
seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞
单细胞转录因子
celseq2转换单细胞原始数据
用scanpy做单细胞分析,如何去除周期细胞的影响
pseudobulk分析
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024