# 2018-03-05 阅读GTEx文档 ## 基本信息 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/``` ## GTEx Data and Analysis FAQs 1. 数据下载 * 数据下载可以通过```https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000424.v3.p1``` 2. 编号的含义，类似GTEX-14753-1626-SM-5NQ9L * GTEX-YYYYY 表示捐赠者，同1个捐赠者有可能会有不同的器官数据和不同类型的数据； * 中间的4位，简单理解为器官的数据，但官方建议根据```Annotations_SampleAttributes```文件来定义器官的不同信息； * 最后SM-YYYYY是测序方法 3. RNA建库的方法是什么？ * polyA + 建库方法 * 原文如下: - No. RNA-seq was performed using the Illumina TruSeq library construction protocol. This is a non-strand specific polyA+ selected library. For more details, please visit our documentation page: https://gtexportal.org/home/documentationPage 4. 建库与分析方法 * Expression Data - Illumina TrueSeq RNA sequencing - Affymetrix Human Gene 1.1 ST Expression Array (V3; 837 samples) * Genotype Data - Whole genome sequencing (HiSeq X; first batch on HiSeq 2000) - Whole exome sequencing (Agilent or ICE target capture, HiSeq 2000) - Illumina OMNI 5M Array or 2.5M SNP Array - Illumina Human Exome SNP Array 5. 分析方法 * 比对的参考基因组 hg19 * 参考转录组 GENCODE V19 - ```http://www.gencodegenes.org/releases/19.html``` 6. 使用STAR 进行mapping 7. 表达量使用TPM表示，使用软件``` RNA-SeQC v1.1.8``` * 只计算unique的mapping reads * 只计算STAR认为是proper pairs的reads * mismatch要小于等于6 * 只使用了非junction的reads，且需要完全包含在exon里面，与intron有overlap的reads全部也被去除 8. 提取的RNA的RIN值图