背景：[size=12]就是我有两个相反的品系，做了同一种处理。这时候我要比较这两种品系，是用差异表达基因还是用特异表达基因来描述比较好。。。[/size]
[size=12]相反品系（一个是对干旱是tolerant。 一个是sensitive的），对他们都做同样的干旱处理。[/size]
[size=12]我是将他们 以 互相对照找差异基因，来说明，这些基因就是引起这两个品系的差别。[/size]
[size=12]还是求出他们的FPKM，然后用之前我看到一个公式（公式见下[/size]
[size=12][attach]129[/attach][/size]
[size=12]）（引自：[/size]Machine learning-based differential network analysis_ a study of stress-responsive transcriptomes in Arabidopsis[size=12]），找到这两个品系在各自之中的特殊的表达基因。来解释这两株品系的不同。[/size]
[size=12]这两种方法用哪个呢？[/size]
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