如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2749: 浏览

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

#单细胞测序QC

求教大大，在看单细胞测序的文章中，QC部分会提出一些metrics对低质量细胞进行过滤，但是如何将这些metrics与fastQC给出的报告结合在一起呢？这些metrics参数可以在fastQC中进行设定吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-05 09:19

是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。另外，单细胞现在有各种完整的工具包去做这些事情，不用担心，现在都已经流程化了。

赞同 0 0评论

关于作者

: 馒头馒啊馒 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-05 09:13

更新时间: 2018-09-05 09:19

关注人数: 2 人关注

相关问题

rMATS是如何得到外显子的两种isform的？: 2402 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 3414 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

单细胞多样本熵分析样例代码: 2652 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 3001 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

公司双端测序的数据R1R2处理: 3369 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何对新建网站进行暴力测试？: 7736 浏览 8 关注 11 回答 0 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 2265 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

双端测序一定要paired去mapping吗？: 3601 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？: 1644 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 3029 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

推荐内容

问 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？: 3168 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 2677 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞seurat对象的基因过滤: 6502 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026