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如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥)

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-08-30 20:25
可以参考我的代码,使用org里面拟南芥的数据库   [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("org.At.tair.db") ########################################## # 成功安装以后,可以运行下列内容 ########################################## # load R package require(org.At.tair.db) # for example list accession_list = your input gene id !!! # 查看提供哪些id进行转换 keytypes(org.At.tair.db) # keytype是你输入的id类型,column是你要转成的id类型 # accession to ENRIZID gene_id = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="ENTREZID",keytype="REFSEQ",multiVals="first") # accession to gene_name gene_name = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="SYMBOL",keytype="REFSEQ",multiVals="first")[/code]

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发布时间
2018-08-30 18:26
更新时间
2018-08-30 20:25
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