使用fastp软件对fastq文件质控的问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1089: 浏览

使用fastp软件对fastq文件质控的问题

想要剪去头8个尾80个位点，但是reads长度不同，用fastp软件该怎么写

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

皆坐注册会员用户来自于: 江苏省南京市
2018-08-29 09:16

代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.html -j /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.json;done [attach]64[/attach] [attach]63[/attach] 跑完是这种情况，这个数据不好，reads长度是25-285的

赞同 0 1评论

问题动态

发布时间: 2018-08-27 14:56

更新时间: 2018-08-29 09:16

关注人数: 2 人关注

相关问题

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 1017 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

mhcflurry的使用: 655 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 453 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 763 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中: 1158 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 784 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

sambamba使用: 839 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

R软件里Bray-Curtis指数计算: 426 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何结合ChatGPT和其他相关软件查询文献: 761 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 763 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 961 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC: 975 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024