使用fastp软件对fastq文件质控的问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3598: 浏览

使用fastp软件对fastq文件质控的问题

想要剪去头8个尾80个位点，但是reads长度不同，用fastp软件该怎么写

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

皆坐注册会员用户来自于: 江苏省南京市
2018-08-29 09:16

代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.html -j /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.json;done [attach]64[/attach] [attach]63[/attach] 跑完是这种情况，这个数据不好，reads长度是25-285的

赞同 0 1评论

问题动态

发布时间: 2018-08-27 14:56

更新时间: 2018-08-29 09:16

关注人数: 2 人关注

相关问题

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 2165 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

调用micromamba 安装好的软件却发生报错: 3406 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 3274 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

MEME motif analysis 软件的安装: 3333 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 3135 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 6533 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用lapa进行APA分析: 2506 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？: 3420 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 4012 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 4078 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 3131 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC: 2700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026