使用lapa进行APA分析

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生信问题

熟悉APA（可变多聚腺苷酸化，Alternative Polyadenylation，APA）分析的大佬解答一下

lapa分析APA结果如图，lapa文档对结果描述不是很详细

这是我在github上的提问https://github.com/mortazavilab/lapa/issues/14

1.如何从这个表格中区分distal 和proximal polyA site？

2. 如何确定3'UTR is elongated or shortened？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-11-20 21:05

1. 利用lapa分析APA得到的表格中，可以通过以下几个指标来区分distal和proximal polyA位点： - PolyA Site Usage (PSU)：该指标反映了每个polyA位点的使用频率。通常，distal polyA位点的PSU较低，而proximal polyA位点的PSU较高。 - Relative Distance (RD)：该指标表示每个polyA位点与基因的相对距离。通常，distal polyA位点的RD较大，而proximal polyA位点的RD较小。 - PolyA Site Usage Ratio (PSUR)：该指标表示每个polyA位点的使用频率与总使用频率的比值。通常，distal polyA位点的PSUR较小，而proximal polyA位点的PSUR较大。综合考虑以上指标，可以根据PSU、RD和PSUR来区分distal和proximal polyA位点。 2. 确定3'UTR的延长或缩短可以通过lapa分析得到的结果中的"Differential 3'UTR Usage"一栏来判断。该指标反映了不同条件或组别之间3'UTR的使用差异。 - 如果某个3'UTR在一个条件下的使用频率高于其他条件，那么可以认为该3'UTR在该条件下被延长。 - 如果某个3'UTR在一个条件下的使用频率低于其他条件，那么可以认为该3'UTR在该条件下被缩短。通过对比不同条件下的3'UTR使用频率，可以确定3'UTR的延长或缩短情况。请注意，以上解释仅为一般情况下的判断方法，具体分析结果还需要结合实际数据和实验设计进行综合考虑。

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发布时间: 2023-11-20 20:59

更新时间: 2023-11-20 21:05

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