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【求助】如何确定时期特定表达基因
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【求助】如何确定时期特定表达基因
生信入门
背景:我现在有一组数据,是关于玉米不同时期的基因reads-count,我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因,那么我现在有两种数据,一组是最原始的count矩阵,一组是在edgeR矫正过得数据。如下图:
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孟浩巍
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用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52
1. 如果想要确定,每个时期特定的差异表达基因,这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list; 2. 对这些gene list进行进一步的分析,看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca,然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较,或者TPM。
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徐寅生
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-09-02 10:44
更新时间
2018-09-02 10:52
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