【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1716: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 1628 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在差异表达前消除批次效应: 1999 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2907 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 3312 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？: 2831 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？: 1896 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助，安装DESeq2遇到问题: 1670 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？: 2571 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问无参转录组的GO分析如何进行: 3617 浏览 7 关注 6 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1786 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 2952 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问【求助】如何确定一种基因ID的类型: 3285 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 2545 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 2042 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 XP-CLRp: 2537 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究: 2627 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 2644 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1224 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 ggtree可视化NJ树: 2057 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025