【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1007: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 1270 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 1913 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

统计学，如何从入门到放弃？: 1211 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 1582 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值: 1678 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 1543 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 1779 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？: 1561 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题: 1380 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 1852 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 736 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问【求助】如何确定一种基因ID的类型: 1984 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 XP-CLRp: 1481 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 1878 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1385 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 1409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 827 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1183 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 1820 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025