bcl2fastq2安装问题

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生信问题

mac终端安装bcl2fastq2：
使用conda install -c hcc bcl2fastq2 ，出现报错

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

- bcl2fastq

Current channels:

- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/osx-64

- https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch

- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64

- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch

- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64

- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

- https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-64

- https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch

- https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-64

- https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're

looking for, navigate to

https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.
更换清华镜像源依旧是一样的恶问题，安装不上。使用源代码安装，出现cannot execute binary file，请教一下该如何处理，感谢

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-13 10:53

根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。对于这个问题，我有几个建议可以尝试解决： 1. 检查软件源：你可以尝试使用conda config命令来检查你的软件源配置。运行以下命令来检查当前的软件源配置： ``` conda config --show channels ``` 确保bioconda和hcc channels都在软件源列表中。如果有任何缺失的软件源，请使用以下命令添加它们： ``` conda config --add channels bioconda conda config --add channels hcc ``` 2. 清除缓存并更新conda：有时候，conda缓存可能导致问题。尝试清除缓存并更新conda，然后重新安装bcl2fastq2。运行以下命令： ``` conda clean --all conda update conda ``` 3. 使用其他安装方式：如果以上方法仍然无法解决问题，你可以尝试使用其他方式安装bcl2fastq2。例如，你可以尝试使用pip命令来安装bcl2fastq2： ``` pip install bcl2fastq2 ``` 希望这些建议对解决你的问题有所帮助。如果问题仍然存在，请提供更多详细信息，以便我能够更好地帮助你。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-09-13 10:46

更新时间: 2023-09-13 10:53

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