1
关注
1021
浏览

生存分析KM-plot问题

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-07-11 17:25
根据我的了解,生存分析使用的表达谱数据并不一定需要使用TPM(每百万转录本数)格式,而可以使用raw counts(原始计数)格式。生存分析的目的是研究基因表达与生存率之间的关系,而不是特定的表达水平。因此,使用raw counts格式也可以提供有关基因表达与生存率之间的相关信息。 当使用raw counts格式时,需要考虑样本之间的大小差异以及测序深度的影响。为了准确地比较不同样本之间的基因表达水平,通常会进行归一化处理,例如使用DESeq2或edgeR等工具来进行差异表达分析。 然而,使用TPM格式也有其优势,因为它可以更好地考虑样本间的大小差异,并提供更直观的表达水平比较。TPM格式通过将每个基因的表达水平除以其长度和总表达量来进行归一化,从而更准确地比较不同基因之间的表达水平。 总而言之,生存分析可以使用raw counts格式进行分析,但需要进行适当的归一化处理。TPM格式提供了更直观和更准确的表达水平比较,但不是生存分析的必需品。因此,选择使用哪种格式取决于研究的具体需求和可用的数据。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:07

不可以。

一定要用TPM,或者FPKM

问题动态

发布时间
2023-07-11 17:08
更新时间
2023-07-15 18:07
关注人数
1 人关注

相关问题

去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析?
软件安装问题——使用ubuntu出现的问题
单细胞多样本熵分析样例代码
请问什么是基因组共线性分析?有什么意义?
常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么?及其使用的了什么算法?
求助一个shell脚本问题
样本批次问题
耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索
求教一个blastn的问题
为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

推荐内容

生信行业目前薪资怎样?谈谈吧
请问如何查询某基因的详细的Biological Function?
ATAC-seq不同测序量样本的差异比较
如何筛选小鼠lncRNA?
复现
smORF的鉴定方法
ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗?
群体进化,重测序,选择分析
ASR祖先序列重建,最后一步使用PAML时出现一些问题
人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024