1
关注
2306
浏览

生存分析KM-plot问题

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-07-11 17:25
根据我的了解,生存分析使用的表达谱数据并不一定需要使用TPM(每百万转录本数)格式,而可以使用raw counts(原始计数)格式。生存分析的目的是研究基因表达与生存率之间的关系,而不是特定的表达水平。因此,使用raw counts格式也可以提供有关基因表达与生存率之间的相关信息。 当使用raw counts格式时,需要考虑样本之间的大小差异以及测序深度的影响。为了准确地比较不同样本之间的基因表达水平,通常会进行归一化处理,例如使用DESeq2或edgeR等工具来进行差异表达分析。 然而,使用TPM格式也有其优势,因为它可以更好地考虑样本间的大小差异,并提供更直观的表达水平比较。TPM格式通过将每个基因的表达水平除以其长度和总表达量来进行归一化,从而更准确地比较不同基因之间的表达水平。 总而言之,生存分析可以使用raw counts格式进行分析,但需要进行适当的归一化处理。TPM格式提供了更直观和更准确的表达水平比较,但不是生存分析的必需品。因此,选择使用哪种格式取决于研究的具体需求和可用的数据。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:07

不可以。

一定要用TPM,或者FPKM

问题动态

发布时间
2023-07-11 17:08
更新时间
2023-07-15 18:07
关注人数
1 人关注

相关问题

cellranger运行结果分析
在用seurat做多样本整合的时候的问题
如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异
bioconductor的问题
在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读
SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化?
求助,安装DESeq2遇到问题
Bowtie2使用中遇到的内存不足问题
ATAC-seq与RNA-seq的联合分析
FPKM计算问题

推荐内容

ATAC-seq样本重复数
cox回归问题
想要提取指定基因的行信息
非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5,模型还可用吗?
根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息,比如具体的位置?
如何筛选小鼠lncRNA?
用GWAS筛选受选择基因,样本数量不够,请问可以用选择消除分析吗
请问cytoscape是怎么构建网络的?
使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图
ASR祖先序列重建,最后一步使用PAML时出现一些问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025