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生存分析KM-plot问题

生存分析使用的表达谱数据可以raw counts格式吗？一定需要使用TPM格式吗

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-11 17:25

根据我的了解，生存分析使用的表达谱数据并不一定需要使用TPM（每百万转录本数）格式，而可以使用raw counts（原始计数）格式。生存分析的目的是研究基因表达与生存率之间的关系，而不是特定的表达水平。因此，使用raw counts格式也可以提供有关基因表达与生存率之间的相关信息。当使用raw counts格式时，需要考虑样本之间的大小差异以及测序深度的影响。为了准确地比较不同样本之间的基因表达水平，通常会进行归一化处理，例如使用DESeq2或edgeR等工具来进行差异表达分析。然而，使用TPM格式也有其优势，因为它可以更好地考虑样本间的大小差异，并提供更直观的表达水平比较。TPM格式通过将每个基因的表达水平除以其长度和总表达量来进行归一化，从而更准确地比较不同基因之间的表达水平。总而言之，生存分析可以使用raw counts格式进行分析，但需要进行适当的归一化处理。TPM格式提供了更直观和更准确的表达水平比较，但不是生存分析的必需品。因此，选择使用哪种格式取决于研究的具体需求和可用的数据。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:07

不可以。

一定要用TPM，或者FPKM

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发布时间: 2023-07-11 17:08

更新时间: 2023-07-15 18:07

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