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chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

生信分析

chipseq分析，原始文件fastq双端测序150bp，用trim_galore过滤后怎么截取DNA长度小于等于260bp的数据接着进行后续的mapping？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-15 10:46

可以使用fastp软件进行截取，具体步骤如下： 1. 安装fastp软件。 2. 运行以下命令，截取DNA长度小于等于260bp的数据： ``` fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2.fastq --length_required 260 ``` 其中，input_R1.fastq和input_R2.fastq分别是双端测序的原始fastq文件，output_R1.fastq和output_R2.fastq是截取后的输出文件，--length_required参数指定了截取后的最小长度为260bp。 3. 使用截取后的fastq文件进行后续的mapping分析。可以使用常用的mapping软件，如Bowtie、BWA、STAR等。需要注意的是，截取DNA长度可能会影响到mapping的结果，因此应根据实际情况进行调整。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-15 21:40

一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。

然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-15 10:41

更新时间: 2023-06-15 21:40

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