该问题已被锁定!
2
关注
2912
浏览

肿瘤样本的VAF值

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-13 14:43

对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况,一般来说不正常。因为VAF(Variant Allele Frequency)是指突变等位基因在总等位基因中的比例,而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来,所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外,还有正常等位基因。因此,如果肿瘤样本中VAF等于1,就意味着这个位点上所有等位基因都是突变等位基因,这是不太可能的情况。

导致VAF=1的可能原因有很多,例如:

  • 样本制备或测序过程中的误差
  • 样本污染
  • 样本中存在CNV(拷贝数变异)
  • 组织异质性
  • 突变存在于肿瘤细胞的每个基因组拷贝中,例如某些癌症相关基因的敲除突变

因此,肿瘤样本的VAF不应该等于1。一般来说,肿瘤细胞中突变等位基因的比例应该低于50%,因为肿瘤细胞中还存在正常等位基因。具体来说,VAF的高低取决于突变等位基因和正常等位基因在肿瘤细胞中的相对数量,以及该位点的CNV情况。

问题动态

发布时间
2023-06-13 14:39
更新时间
2023-06-13 14:43
关注人数
2 人关注

相关问题

转录组数据样本聚类结果不理想
麻烦问下,转录组差异分析,我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗
根据Barcode序列进行样本拆分?
chipseq分析,利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图
在用seurat做多样本整合的时候的问题
关于DESeq2样本聚类的问题
在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下,如何利用cuffdiff进行差异基因分析。
ATAC-seq不同测序量样本的差异比较
转录组组内样本差异大
请教多个scRNA样本整合问题

推荐内容

EVM整合基因组注释
运行roary软件不出结果,命令行用了这种
likelihood ratio test
fastANI报错,不出结果
修改代码:报错Error: strip arg must be None or str
怎么用prokka做批量注释
怎么从ncbi上下载gbff格式的文件
read过滤的问题
本地blast最理想的结果是什么
基因组组装问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025