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如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

转录组差异基因表达分析

问题是这样的，我进行无参转录组分析，前期已经利用kallisto获得了每个unigene的eff_length、est_count、tpm的相关值。 1.因为有些原因，我不能利用sleuth进行下游的差异基因表达分析。同时我也不能利用DESeq进行差异基因表达分析（因为，我的实验中，表达丰度的衡量必须考虑unigene长度的问题）。 2.所以，我想问一下各位大佬，有什么软件，仅仅利用每个样本的所有tpm，就能得到差异基因。大概就是下图这样的数据格式，分为对照组与实验组，每个组有3个重复。 [attach]266[/attach] 其实，我看过孟大佬在以往讲课的时候，直接利用FPKM用R就处理了。但是当时是例子，没有重复，怪我统计学底子差，不知道不借助DESeq、sleuth这样的软件怎么计算qval这种值。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-25 15:09

DESeq2 是针对count设计的，TPM和FPKM不适合它。

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Pancras 注册会员用户来自于: 河南省郑州市
2018-09-25 18:47

那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的

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关于作者

: Pancras 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-25 14:46

更新时间: 2018-09-25 21:48

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