stringtie和gffcompare处理转录本的问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1506: 浏览

stringtie和gffcompare处理转录本的问题

官网说stringtie merge是对多个样本的转录本合并成一个非冗余的转录本。在做lncrna鉴定的时候，我到底是先合并再用gffcompare比较，还是先比较再合并。结果会不会不同

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-10 09:38

如果是鉴定新的lncRNA，应该是先compare再merge吧。

赞同 0 0评论

关于作者

: dk_bioinfo 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-09 17:52

更新时间: 2018-09-10 09:38

关注人数: 2 人关注

相关问题

请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？: 1715 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1353 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2158 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 2375 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Stringtie报错: 1426 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 1776 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 2260 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？: 1312 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1327 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程: 2240 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 Stringtie报错: 1426 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 lnc筛选: 1152 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025