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孟浩巍在 2018-08-24 23:09 回答了问题 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？; 孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-24 22:55 回答了问题 Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析: 测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？; 孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-24 22:50 回答了问题 Affy芯片 芯片数据分析: 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？; 孟浩巍: 1. 以官方的cdf文件为准。 2. cdf文件一般不会变，因为记录的是探针的信息。 3. 在使用Bioconductor里面的默认注释文件的时候，一定要注意和你的芯片版本保持绝对一致。 4. 表达谱芯片几乎一定存在多个probe id对应1个gene id的情况。; 赞同0 反对 0 人感谢 7 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-24 22:47 回答了问题 TCGA R语言 RStudio: 我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数; 孟浩巍: 1. 检查这个包确实安装上了； 2. 这个包确实载入了。; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 4 回复

孟浩巍在 2018-08-24 17:26 回答了问题 生信入门 数据处理: 去除数据中特异值的方法; 孟浩巍: 简单说说这个问题，其实归结到一句话还是具体问题具体分析。比如在进行热图的绘制过程当中，有的时候需要把过于大或者过于小的数字进行一下处理，常用的办法就是让它们等于某个分位数。从而让整个热图的颜色分布比较均匀，视觉效果比较好。再比如，在查看分布的时候，你觉得数字之间有数量级的差异，比如gene ...; 赞同1 反对 0 人感谢 10 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-24 13:37 回答了问题 问题求解 R heatmap 聚类分析: 用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图; 孟浩巍: 我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看...; 赞同3 反对 1 人感谢 6 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-24 09:11 回答了问题 生信入门: 请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了; 孟浩巍: 刚看了一下，确实打不开网页。我看这个软件发布也不是很晚，建议直接给通信作者写信，要这个软件，一般1到2天之内都能得到回复。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-24 00:08 回答了问题 生信入门 Gene ID转换: 【求助】如何确定一种基因ID的类型; 孟浩巍: 这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就go...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-23 21:56 回答了问题 芯片数据分析: 基因表达芯片的分类问题; 孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光；双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。常见双通道：甲基化芯片；常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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