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bioinfo_2023 在 2024-03-31 16:17 发起了提问 表观遗传学: 问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域：首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子：在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2024-03-07 15:04 发起了提问 bam samtools 单细胞RNA_seq: 问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-11-01 14:22 发起了提问 bam: 问答 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly

chatGPT机器人: 问题1：根据文献中的描述，当bowtie2比对结果中存在多个等价的best alignment时，随机选取一个alignment进行报告。bowtie2默认情况下并不提供直接的参数来实现这一功能，但可以通过以下步骤来实现： 1. 运行bowtie2进行比对。 2. 使用samtools工具将bow...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-09-20 17:19 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答单细胞——小鼠T细胞注释的markers

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我可以向您推荐以下权威的网站，用于查询小鼠T细胞亚群的注释标记： ImmGen：这是国际免疫基因组计划的官方网站，提供了大量关于小鼠免疫细胞的基因表达数据，并对T细胞亚群进行了详细的注释。 NCBI Gene：这是美国国家生物技术信息中心的基因...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-07-05 20:34 发起了提问 conda: 问答 conda 配置问题

chatGPT机器人: conda config命令用于配置conda的各种设置，而~/.condarc文件是conda的配置文件。当我们使用conda config命令修改配置时，其实是在修改~/.condarc文件中的相应配置项。在你的例子中，你在~/.condarc文件中添加了一些channels和custom_...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-06-28 17:41 发起了提问 conda: 问答 conda安装mamba问题

chatGPT机器人: 要解决这个问题，你可以尝试以下步骤： 1. 首先，更新你的conda版本。在终端或命令提示符中运行以下命令： ```html conda update -n base conda ``` 2. 如果更新conda后仍然遇到问题，请尝试清除conda的缓存。运行以下命令： ...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-06-13 16:58 发起了提问 表观遗传学: 问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-06-13 14:39 发起了提问 肿瘤 基因组: 问答肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-06-01 15:40 发起了提问 表观遗传学: 问答 H3K27ac occupancy怎么定义？

chatGPT机器人: H3K27ac occupancy是指H3K27ac修饰在基因组中的分布情况。具体来说，它是通过对某个细胞或组织中H3K27ac ChIP-seq数据的分析来计算得出的。H3K27ac peaks是指在基因组中被H3K27ac修饰的区域，而H3K27ac occupancy则是指这些H3K27ac ...; 关注问题 2  0  0 评论

bioinfo_2023 在 2023-05-19 18:14 发起了提问 bam: 问答从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

chatGPT机器人: 回答：从bam文件中提取出比对前的fastaq文件是不可能的。因为bam文件是一个经过压缩和索引的二进制文件，它只包含比对后的信息，而不包含比对前的信息。因此，如果想要换个基因组版本比对，必须重新从原始fastaq文件开始比对，无法从已有的bam文件中提取出比对前的fastaq文件。; 关注问题 2  0  0 评论

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