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elementoK
在 2018-10-10 11:43 发起了提问
生信入门
问答
tophat报错 & cufflinks安装报错
tophat运行指令如下: [code]nohup tophat2 -p 10 -o ~/desktop/tophat_result/model ~/desktop/mm10/mm10_index ~/desktop/cleandata/mmhcRNA-model.read1_Clean.fastq...
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elementoK
在 2018-08-29 16:24 发起了提问
生信分析
问答
关于RSEM和RPKM
孟浩巍
:
癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM,大家目前测序常用的还是FPKM,RPKM,TPM。 个人观点是RSEM的缺点在于不直观,优点是通过机器学习的办法处理了一些因素,而不是像FPKM,RPKM,TPM这些,线性处理所有的情况。 我个人的观点是,癌症数据大家现在都用RSEM,那么我...
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elementoK
在 2018-08-28 21:58 发起了提问
Gene ID转换
问答
关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包(小剧场?)
孟浩巍
:
你现在的问题是其实是因为你的gene id前面两个字符导致的问题,假设你的table的名称为input_table, [code]# gene real gene id gene_id.fix = substr(input_table$gene_id,3,nchar(input_table$g...
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