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Pancras 在 2018-10-08 18:55 回答了问题 无参转录组: 在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。; Pancras: 没有，大佬，首先感谢您的回复。其次，我不太懂tophat-cufflinks这个流程。 [attach]299[/attach] [attach]300[/attach] 但是看这个流程，我有两个疑问： 1.我没有基因组(我是无参直接组装的 ’转录本‘)，所以第一步tophat的mapping我不太...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

Pancras 在 2018-10-08 17:46 回答了问题 序列编辑: 有哪些常用的有参序列拼接工具？; Pancras: 我有个疑问，你都有参考序列了，你还拼接个啥。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Pancras 在 2018-10-08 17:34 发起了提问 无参转录组: 问答在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

辅导辅导员的辅导员: 我只是过来水一下，cuffdiff首先要输入gtf文件，所以可以先搞定一个gtf，可不可以先用tophat你拼接的参考转录本，然后用cufflinks拼接，然后cuffmerge，得到gtf，然后就可以做cuffdiff了？我不太懂，只是水一下，欢迎指出我的不当之处; 关注问题 4  2  0 评论

Pancras 在 2018-09-25 18:47 回答了问题 转录组差异基因表达分析: 如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?; Pancras: 那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的; 赞同0 反对 0 人感谢 3 评论 2 回复

Pancras 在 2018-09-25 14:46 发起了提问 转录组差异基因表达分析: 问答如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

孟浩巍: DESeq2 是针对count设计的，TPM和FPKM不适合它。; 关注问题 2  1  0 评论

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