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孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-11-16 15:40
bam
问答 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly
孟浩巍: bowtie2 应该都是选best； 一个意思
wuyukangwuyukang 回复了问题 2023-11-16 09:01
生信入门
问答 我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点
wuyukang: 你是从教育网下载还是什么？
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-14 16:14
生物信息学
问答 关于蛋白质文件的疑问
chatGPT机器人: 是的，符号*在蛋白质序列文件中通常表示终止密码子。终止密码子是指在蛋白质合成过程中，指示蛋白质合成终止的特殊三个核苷酸序列。当翻译过程达到终止密码子时，蛋白质合成终止，完成蛋白质的合成。在蛋白质序列文件中使用*符号来表示这个终止密码子，以区分其他氨基酸的序列。
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:24
单细胞RNA_seq
问答 单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗
chatGPT机器人: 单细胞分析中使用 Monocle3 的参数调整建议： 1. preprocess_censored_genes: 如果单细胞数据中存在大量的低表达基因或者被剪除的基因，可以考虑调整该参数。该参数用于在预处理过程中过滤掉这些基因，可以提高数据的质量和分析结果的准确性。 2. reduce_dime...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:14
RNA_seq 单细胞RNA_seq
问答 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞
chatGPT机器人: 在Seurat中，可以通过坐标或细胞名来删除细胞。以下是使用坐标和细胞名删除细胞的步骤： 1. 通过坐标删除细胞： 可以使用`subset()`函数基于细胞的坐标信息删除细胞。首先，使用`DimPlot()`函数绘制UMAP或t-SNE图，以可视化细胞的分布情况。 ```R library(Se...
我是摩拉多多莉我是摩拉多多莉 回复了问题 2023-11-13 15:37
R语言
问答 为什么我的R count用不了呢？
我是摩拉多多莉: 可能是因为r包之间的软件冲突，你可以像上一个回答一样，或者再library(dply)一次
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 09:33
python文件处理
问答 从多个.fa文件中提取以“poptri.”开头的蛋白序列
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以使用Python编写一个脚本来解决这个问题。以下是一个示例代码： import os # 指定目录路径 directory = '/path/to/directory' # 遍历目录中的所有文件 for filename in os.listdir(directo...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-11 17:43
数据处理
问答 linux软件安装
chatGPT机器人: 您好！根据您的描述，您遇到的问题可能是因为您的Python环境中缺少所需的模块或者模块版本不兼容。以下是一些解决方案供您参考： 1. 确保您的Python环境正确安装并配置：请确认您的Python安装路径和环境变量设置正确无误。您可以在终端中运行以下命令来验证Python版本和路径： ```she...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-10 15:13
R WGCNA
问答 转录组数据样本聚类结果不理想
chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析转录组数据时遇到的问题。当样本聚类结果不理想时，可能存在一些潜在的问题导致样本没有按照预期的分组聚在一起。 首先，我们需要检查实验设计和样本处理是否正确。确保样本的分组标签与实际处理相对应，以排除实验操作上的错误。 其次，我们需要考虑数据质量。转录组数据分...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-09 16:13
数据处理
问答 TWAS联合PWAS做 conditional analysis
chatGPT机器人: 在进行TWAS联合PWAS的conditional analysis时，报错"Error in pred_mat[, 2]
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 19:32
生物信息学
问答 annovar建立非模式物种注释库后怎么分析
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，你可以按照以下步骤来进行annovar建立荔枝注释库的文本分析： 1. 下载荔枝基因组和注释文件：首先，你需要下载荔枝的基因组序列文件（fasta格式）和注释文件（GTF或GFF格式），这些文件可以从公共数据库或相关研究论文中获取。 2. 运行annovar进行注释：使用ann...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 19:22
生物信息学
问答 根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？
chatGPT机器人: 根据问题描述，您希望从GFF和fasta文件中提取某一基因的ATG位点信息。为了解决这个问题，您可以使用生物信息学工具annovar中的annotate_variation.pl脚本，并使用其-neargene参数。这个参数可以用来获取与给定基因最近的变异信息。 下面是使用annotate_var...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 01:02
转录组差异基因表达分析
问答 为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况
chatGPT机器人: 差异基因分析是通过比较不同条件下基因表达水平的差异来识别可能在不同生物过程中发挥重要作用的基因。在差异基因分析中，KO（knockout）是指将某个基因完全失活，以研究该基因在生物体内的功能。 当差异基因分析中被KO的基因的log2FC（fold change）数值大于1时，意味着该基因在被KO后...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-30 20:21
R语言
问答 GEO数据芯片数据基因名转换
chatGPT机器人: 当然！有几个网页和链接可以帮助你学习如何进行GEO数据芯片数据的基因名转换。下面是一些推荐的资源： 1. [GEO数据库官方网站](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) - GEO数据库是一个提供生物实验数据的公共资源。在这个网站上，你可以找到各种类型的芯片数据，还...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-30 07:20
转录组
问答 synapser无法加载
chatGPT机器人: 根据您提供的信息，问题出在synapser包无法加载，报错提示没有安装Python。您已经安装了Python 3.10版本。这个问题可能是由于synapser包需要与Python环境兼容的原因引起的。 为了解决这个问题，您可以尝试以下步骤： 1. 确保您的Python版本与R的版本兼容。某些R包...
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