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: #单细胞测序QC

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 08:35 #单细胞测序QC 单细胞RNA_seq: 问答 cellranger运行结果分析

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。对于您的问题，差异大的样...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40 #单细胞测序QC: 问答 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。直接上机可能会损失一定的测序量。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46 #单细胞测序QC 单细胞RNA_seq: 问答单细胞seurat对象的基因过滤

chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 09:19 #单细胞测序QC: 问答如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

孟浩巍: 是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。另外，单细胞现在有各种完整的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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